Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 556,822 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 556,822 | 0 | G | C | 99.0% | 462.6 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 556,823 | 0 | C | G | 99.5% | 464.4 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (93/106); total (94/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 556,824 | 0 | T | A | 99.5% | 471.8 / NA | 201 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (94/106); minor base G (0/1); total (94/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
GCCATACGCCATCGCAGCTGCTGTGGGTTCATTAATTAAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAAACTGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGGCTAGTACGCCGACTTACAGCCGGTTTTCCGACTAAAATATGATTATTTTCATCCATGCTAATTATGGATGGTGTTAAATATTCACCGAACTTATTTGGAATTAATTGCGCGGCACCGTCTTTCCAGACGGCAATTAAACTATTGGTAGTACCGAGATCGATACCAATGGCGAGTTCTGCATTATCCATTGCATTTATATCTTGAAAGAAAAAGAGATAAACAGATTAAGACCACCCAGGTAACGCGTGGTGATCTTAATCAATGACGTGTGT > CP042583/556534‑557094 ||| aTCGCAGCTGCTGTGGGTTCATTAATTAAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGcc > 1:715700/1‑289 (MQ=255) 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attaattaAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCg > 2:565795/1‑289 (MQ=255) attaattaAGCGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCg > 1:695505/1‑289 (MQ=255) cGTACCGCATTTAACCCGGCTAACTCCGCTGCTAAACGGGTATGCTTGCGTTGTTCATCGCTGAAATAAGCCGGAACGGAGATCACCACATCTTTAATCGGACGTTGCAGAAATTCTTCGGCATCTTCTTTTAATGAGCGTAATACCAAAGAGGACAGTTCTGGCGCGTTAAATGTGTCGCTGCCTAACCGCCAGTTGGTATTACTGCCCATTGCACGTTTAAATAACGCTGCCGTTTTATCCGGATGCGAAGTACGCCGTGATACAGCCGGTTTTCCGACTAAAatat > 1:1874216/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |