Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 571,535 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 571,535 | 0 | A | T | 98.5% | 620.5 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (120/141); minor base G (3/1); total (123/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.40e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 571,536 | 0 | C | G | 98.9% | 610.1 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (121/141); minor base T (2/1); total (123/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 571,537 | 0 | T | A | 98.9% | 619.9 / NA | 265 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (121/141); minor base C (2/1); total (123/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
GCAAGTCGTCGAGAAATTCCGGCCCTTTTTCCTGATACAGCGCGAGGATCACTTCACAGTCAGACCCGGTCTGGAACTGGTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGT‑ACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATACTCAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGC‑TGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGACTCAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCTGTTTTGATATCGAATACGCCAAAAATACTACACATAACCTTCTCCGTTAACCTGGTATTTGTTGCTTGTTGTGTTTGCTTGTTTAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATATATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATAT > CP042583/571255‑571815 ||| tcgtcgAGAAATTCCGGCCCTTTTTCCTGATACAGCGCGAGGATCACTTCACAGTCATACCCGGTCTGGAACTGGTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGT‑ACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGC‑TGGCATAAATACCGGACCAGTCCTGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAggg < 1:295897/289‑1 (MQ=255) tgtcgAGAAATTCCGGCCCTTTTTCCTGATACAGCGCGAGGCTCACTTCACAGTCAGACCCGGTCTGGAACTGGTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGT‑AGGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGGGAGGTGGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGC‑TGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAggg < 1:224626/287‑1 (MQ=255) cgtcgAGAAATTCCGGCCCTTTTTCCTGATACAGCGCGAGGATCACTTCACAGTCAGACCCGGTCTGGAACTGGTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGT‑ACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGC‑TGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGa > 2:510289/1‑285 (MQ=255) cgtcgAGAAATTCCGGCCCTTTTTCCTGATACAGCGCGAGGATCACTTCACAGTCAGACCCGGTCTGGAACTGGTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGT‑ACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGC‑TGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAggg < 1:831355/288‑1 (MQ=255) 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gATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCTGTTTTGATATCGAATACGTCAAAAATTGCACACATAACCTTCTACGTTAACCTGGTATTTGTTGCTTGTTGTGTTTGCTTGTTTAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCATGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATGGGTGAAAAAAGGTTCGGTGTGAGGATATATTTATTGATGAATCAATCATTTTTGGCGGGTTTTTTTGAAt > 2:256383/1‑289 (MQ=255) gATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCTGTTTTGATATCGAATACGCCAAAAATTGAACACATAACCTTCTCCGTTAACCTGGTATTTGTTGCTTGTTGTGTTTGCTTGTTTAAAAAAATGCCg > 1:96856/1‑152 (MQ=255) ||| GCAAGTCGTCGAGAAATTCCGGCCCTTTTTCCTGATACAGCGCGAGGATCACTTCACAGTCAGACCCGGTCTGGAACTGGTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGT‑ACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATACTCAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGC‑TGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGACTCAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCTGTTTTGATATCGAATACGCCAAAAATACTACACATAACCTTCTCCGTTAACCTGGTATTTGTTGCTTGTTGTGTTTGCTTGTTTAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATATATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATAT > CP042583/571255‑571815 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |