Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 571,601 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 571,601 | 0 | A | T | 99.2% | 571.4 / ‑6.1 | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 571,602 | 0 | C | G | 99.2% | 566.2 / ‑2.5 | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (114/125); minor base A (1/1); total (116/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 571,603 | 0 | T | A | 98.8% | 571.6 / ‑0.5 | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (114/126); minor base C (2/1); total (116/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
GGTCTGGAACTGGTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGT‑ACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATACTCAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGC‑TGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGACTCAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCTGTTTTGATATCGAATACGCCAAAAAT‑‑ACTACACATAACCTTCTCCGTTAACCTGGTATTTGTTGCTTGTTGTGTTTGCTTGTTTAAAAAAATGCCGCAAAGCAGCACTGTGCGCAAGCGATTTGGCGGTGAAAAAATAAAAAACGTAATGGTGATTGTCGATTGGTGAAAAAAGGTCTGGTGTGAGGATATATTTATTGATGAATCGATAATTTTTAGCGGGTTTTATTGAATGTTTATATTTTACGGGGGCCAAATTGCTGACAAAGTGCGATTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTT > CP042583/571322‑571879 ||| tgatcgtatatcGATCGCAGTATTCGGCGCGCAATGCCTGGTTGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGT‑AAGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGC‑TGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCTGTTTTGATATCGAATACGCCAAAAAT‑‑TGAACACATAACCtt < 2:1544593/278‑1 (MQ=255) ggAACTGGTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGT‑ACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGC‑TGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCTGTTTTGATATCGAATACGCCAAAAAT‑‑TGAACACATAACCtt < 1:1508361/289‑1 (MQ=255) tGGTAACGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGT‑ACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGC‑TGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGCTTGTTTTGATATCGAATACGCCCAAAAT‑‑TGAACACATAACCTTCTCCg > 2:206670/1‑289 (MQ=255) aCGATCGCCATATTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGT‑ACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGC‑TGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCTGTTTTGATATCGAATACGCCAAAAAT‑‑TGAACACATAACCTTCTCCGTTAAc < 1:152944/289‑1 (MQ=255) tatTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGT‑ACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGC‑TGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCTGTTTTGATATCGAATACGCCAAAAAT‑‑TGAACACATAACCTTCTCCGTTAACCTGGTATttg < 1:1539275/289‑1 (MQ=255) atTCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGT‑ACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGGGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGC‑TGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCTGTTTTGATATCGAATACGCCAAAAAT‑‑TGAACACATAACCTTCTCCGTTAACCTGGTATttgt < 2:763862/289‑1 (MQ=255) ttCGGCGCGCAATGCCTGGTGGTTGTAGATTTCACCGTTTACCGCCAGT‑ACGTGGGTTTTTTGTTGGTTGTAGAGAGGTTGCGCCCCCGCGTTAACGTCAACAATTGACAGACGTTCGTGGGCGAGAATGGCGTTATCGC‑TGGCATAAATACCGGACCAGTCCGGGCCACGATGACGCATCAGGCGTGACAGCTCGAGGGCTTTCTTACGCAGCTCAACTGCGTCTGTTTTGATATCGAATACGCCAAAAAT‑‑TGAACCAAAAACCTTCTCCGTTAACCTGGtgtttgtt > 2:843611/1‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |