Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 451,710 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 451,710 | 0 | A | T | 98.6% | 495.7 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 451,711 | 0 | G | C | 98.6% | 486.8 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (98/114); total (99/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 451,712 | 0 | C | G | 99.5% | 501.9 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (98/117); total (99/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
CGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTAGCATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGT‑CAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTAAGCCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTAGCCTGTAATCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGCAATTGGTGC‑ACAATGCCTGATGCGATGCTTGACGCATCTTATCAGGCCTACAATGGGTACCGGATCGGTAGGCC > CP042583/451425‑451989 ||| aaTTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATgggg < 2:1183802/289‑1 (MQ=255) aaTGCTCGACAGCGAGGGCATCGAGTTGTTGCTGAAAGGGGGGGAGGTGGTGATTGGCGGGGGGGGCGGCGGTGTGGCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAGAGGTCTCGGCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCGCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATgggg < 2:1684071/289‑1 (MQ=255) cGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAAcg > 1:144407/1‑289 (MQ=255) gaggCCATCGGGTTGTTGCTCGAAGAAGGGAGTGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGGGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGGGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAAcg < 2:793581/285‑1 (MQ=255) 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tgttgCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTa < 1:1151622/289‑1 (MQ=255) tgtggCTGAAGGAGGGGCATGGGGTGAGTTGGAGTGGGGGCGGCGGTGGGGCTGTGACGGATGGCGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATGGATAAAGATCTCGCCGCGGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGGCTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAGCTGGAGATCGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCAGACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGtt < 2:1120376/288‑1 (MQ=255) cAAAGAGGGGCATGTTGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGCTAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGT‑CAGa < 1:1012378/289‑1 (MQ=255) 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gTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGT‑CAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTgg > 1:1075149/1‑289 (MQ=255) gTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGT‑CAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTgg > 2:1757043/1‑289 (MQ=255) cggTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGT‑CAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTatc < 1:1830936/288‑3 (MQ=255) 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acggatgacggaGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGT‑CAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAagag > 1:833416/1‑288 (MQ=255) atgacggaGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGGCGAATGTAACGGCGGGGAGTGGTTATGT‑CAGCAGCCGTGGGAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTAACCGAAATTGACAAGACGcg > 2:674133/1‑288 (MQ=255) atgacggaGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGa < 1:30235/222‑1 (MQ=255) atgacggaGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGT‑CAGAAGCCGTGGTAAACCcgc > 2:1131422/1‑253 (MQ=255) cggaGCAGGGCGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCCCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGACCGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGT‑CAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGCAGAGACGCTggcg > 1:1177556/1‑289 (MQ=255) cAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGT‑CAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTggcgggcg < 1:1221501/288‑1 (MQ=255) 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tttGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGT‑CAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGCAATTGGTGC‑ACAATGCCTGATGCGATGCTTGACGCATCTTATCAGGCCTACAATGGGTACCGGa > 1:1665242/1‑288 (MQ=255) gCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGT‑CAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGCAATTGGTGC‑ACAATGCCTGATGCGATGCTTGACGCATCTTATCAGGCCTACAATGGGTACCGGATCGGTAGGcc > 1:1784599/1‑289 (MQ=255) ||| CGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTAGCATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGT‑CAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTAAGCCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTAGCCTGTAATCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGCAATTGGTGC‑ACAATGCCTGATGCGATGCTTGACGCATCTTATCAGGCCTACAATGGGTACCGGATCGGTAGGCC > CP042583/451425‑451989 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |