| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 592,293 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 592,294 | 0 | C | G | 99.3% | 652.8 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (131/144); minor base T (1/1); total (132/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 592,295 | 0 | T | A | 100.0% | 663.1 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (132/145); total (132/145) | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
CCTAACTGAATCACAGC‑GAGGCGGAAAGGACGAGCCTCTTTTGCCCGCTGCGGTGCGACTTCCGCGATCAGCTCACGCAGGTAACTTTCTTCAAAACAGTGCGCATCAATGCCACCGATAAAGCCATACGGGTTACGTGCCGTTTCCAGATAAACCGGTGTTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTA‑GCAGGGCGTTTAAAACCACTTTGTTAGAAGAACTAGTGCCATTTAAAACGAAGTAGGTTTTATCGGCATTAAACACTTTTGCCGCATGTTGCTGTGCAATGCATGGCGCGCCTTCGTGAATCAGCAGATCGCCCATCGCTACGTCGGCGTTGCACAAGTCGGCACGGAACAGCGCCTCACCAAAGTATTCCACAAACTGATTCCCCGCCGGATGGCGACGGAAAAATTCGCCGCCCTGATGACCAGGGCAATCAAACGCGCTGTTACCTTGATTGACATAATCGACCAGTGCGCGGAAGAAAGGTGGGCGCAG > CP042583/592021‑592574 ||| ccTAACTGAATC‑CAGCGGAGGCGGAAAGGACGAGCCTCTTTTGCCCGCTGCGGTGCGACTTCCGCGATCAGCTCACGCAGGTAACTTTCTTCAAAACAGTGCGCATCAATGCCACCGATAAAGCCATACGGGTTACGTGCCGTTTCCAGATAAACCGGTGTTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTA‑GCAGGGCGTTTAAAACCACTTTGTTAGAAGATGAAGTGCCATTTaaa < 2:26759/288‑1 (MQ=255) 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CCTAACTGAATCACAGC‑GAGGCGGAAAGGACGAGCCTCTTTTGCCCGCTGCGGTGCGACTTCCGCGATCAGCTCACGCAGGTAACTTTCTTCAAAACAGTGCGCATCAATGCCACCGATAAAGCCATACGGGTTACGTGCCGTTTCCAGATAAACCGGTGTTGCACCAGCCTGTAGCAACGCTCCGTGGTGGTTAGATTTGTGGTTATTGCGATCAAACAGCACCAGATCACCCGGTGTTA‑GCAGGGCGTTTAAAACCACTTTGTTAGAAGAACTAGTGCCATTTAAAACGAAGTAGGTTTTATCGGCATTAAACACTTTTGCCGCATGTTGCTGTGCAATGCATGGCGCGCCTTCGTGAATCAGCAGATCGCCCATCGCTACGTCGGCGTTGCACAAGTCGGCACGGAACAGCGCCTCACCAAAGTATTCCACAAACTGATTCCCCGCCGGATGGCGACGGAAAAATTCGCCGCCCTGATGACCAGGGCAATCAAACGCGCTGTTACCTTGATTGACATAATCGACCAGTGCGCGGAAGAAAGGTGGGCGCAG > CP042583/592021‑592574 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |