Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 452,261 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 452,261 | 0 | G | C | 99.6% | 546.0 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 452,262 | 0 | C | G | 98.7% | 529.7 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); major base G (102/127); minor base T (2/1); total (105/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 452,263 | 0 | T | A | 99.6% | 539.6 / NA | 235 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (104/128); minor base G (1/0); total (105/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
CGGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGGCTTGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACGCTCGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCGCTCAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATA > CP042583/451981‑452540 ||| cGGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGatt > 1:475820/1‑289 (MQ=255) aGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGattatt < 1:241802/288‑1 (MQ=255) cGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGACGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTcacc > 1:592554/1‑288 (MQ=255) aTAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTg > 1:804763/1‑289 (MQ=255) cgcATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGc < 2:1776976/288‑1 (MQ=255) aTAGAGCACCCGTCAACCGAACTTACGCTGCGCCCCAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCg < 2:1520304/287‑1 (MQ=255) gagCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCg > 1:1657537/1‑288 (MQ=255) cccggtAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAAGCACGCCGCTTGCATAGTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATg < 2:1089/284‑1 (MQ=255) ccAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATg < 2:8491/289‑1 (MQ=255) ccAGTTAACCGAACTTACCCTGACCCCAAATCCCGCCGCTGGCAGATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGAGTTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATg < 2:950874/289‑1 (MQ=255) cAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCCGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCCCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCCCCCCTGGTTGCTGTAACGGCAGATCGGTAATCACCcacaaagc > 2:1760992/1‑284 (MQ=255) gTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCa > 1:1471104/1‑288 (MQ=255) aaCCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGAt > 1:1506912/1‑282 (MQ=255) aaCCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGAt < 2:1506912/282‑1 (MQ=255) aaCTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGCTGCACCAGCGGCAGTTTCCGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAAATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGAACCGTAATCGCCCGCAGATCCCGCTCAACCt > 2:1607743/1‑289 (MQ=255) aCTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTg > 1:1868763/1‑289 (MQ=255) cTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTg > 1:1224077/1‑288 (MQ=255) cTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCAACACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGACCGCAGATGCAGCTCAAACTg > 1:307254/1‑288 (MQ=255) tACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCt < 1:355543/289‑1 (MQ=255) 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aaaTCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCAcc < 1:1522986/289‑1 (MQ=255) cggcccTGGCATCTTCCGGCGGCAGCAGGCGGAGTAAGGCTGCCAGCGTCGCAGCCCGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTtg < 2:1305938/284‑1 (MQ=255) tGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCa < 1:1153489/289‑1 (MQ=255) tGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCa > 2:488008/1‑289 (MQ=255) tatTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGAc < 2:168765/289‑1 (MQ=255) tatTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGCGATGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGAc < 2:1220230/289‑1 (MQ=255) 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CGGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACGGCTTGTGTCGCTGTCGGTCAAATTCAGATGCCCCACTTTACGCCCCGGACGGACTTCTTTGTCGTACCAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACGCTCGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACATAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCGCTCAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGGCCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATA > CP042583/451981‑452540 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |