Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 452,468 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 452,468 | 0 | G | C | 100.0% | 578.9 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 452,469 | 0 | C | G | 98.8% | 557.3 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (124/120); total (127/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 452,470 | 0 | T | A | 98.8% | 562.4 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (126/116); minor base C (1/2); total (127/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
CAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACGCTCGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACA‑TAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCGCTCAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGG‑CCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTCCTGATGCAGGTTATGCGTCAGCGGATAAAACACGGTGCTGCCATCAAAGCCGCGCGCGCCAACCAGGCTCACTTCACCAGAGAAGTTAATGCCCTGCTCGACAATACATTCGCCGTAACACTCTGCCGGTAACTGTTCGGTTTCATTTGCGCGTAAACGCCATTGACCGCGACCGTCATAACCACCAGTGCGACGCTTAACA > CP042583/452190‑452747 ||| gATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACA‑TAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCgg > 1:1945900/1‑288 (MQ=255) aTGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTCCGGGGTGACAAAACACACCATCGCCATCACCCCCACA‑TCGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCt > 2:1351812/1‑289 (MQ=255) tggaCCAGCGGCAGTTGTAGGCAGTCGAAATTCCCATCGCTAACAATCAGGTGGATGCGCCCCGC‑AGGATTATTCGCGCCGGGTGGCGGTAACGGCAGATCGGTATTCGCCGGCAGATGCAGGTCAAACTGGCGGATGCTGGTACGGTTTGGGGTCCAGTGACCGCGGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGAGCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCAGCGCCATCACGCACACA‑TGGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCt < 2:1538403/285‑1 (MQ=255) ccAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTTCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCAGCACGCCCACC‑TAGCCCAGCTCCTGCACAATCCCCGACACCCTCCCTTCGGCTTgcg > 2:1030107/1‑288 (MQ=255) ccAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACA‑TAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTgcg > 2:1053466/1‑288 (MQ=255) ccAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACA‑TACCCCCGCTCCTGCATAATCCCCGACAGCATCCCTTCCGCTTgcg > 2:972273/1‑288 (MQ=255) gCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACCGACGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACA‑TAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCCCct > 1:1517838/1‑288 (MQ=255) 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gCATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGG‑CCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTCCTGATGCAGGTTATGCGTCAGCGGATAAAACACGGTGCTGCCATCAAAGCCGCGCGCGCCAACCAGCGACACTTCACCAGAGAAGTTAATGCCCTGCTCGACAATACATTCGCCGTAACACTCTGCCGGTAACTGTTCGGTTTCATTTGCGCGTAAACGCCATTGACCGCGACCGTCATAACCACCAGTGCGACGCTTAAc > 1:346307/1‑289 (MQ=255) cATAATCGCCGACAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGG‑CCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTCCTGATGCAGGTTATGCGTCAGCGGATAAAACACGGTGCTGCCATCAAAGCCGCGCGCGCCAACCAGCGACACTTCACCAGAGAAGTTAATGCCCTGCTCGACAATACATTCGCCGTAACACTCTGCCGGTAACTGTTCGGTTTCATTTGCGCGTAAACGCCATTGAACGCGACCGTCATAACCACCAGTGCGACGCTTAACa > 1:1538766/1‑289 (MQ=255) ||| CAGTGCAGATGCACCAGCGGCAGTTTCAGCCAGTCATAATTCACATCGCTACCAATCAGATTGAT‑CATCACGCTCGGATTATTCACCACTGGTTGCGGTAACGGCAGATCGGTAATCGCCCGCAGATGCAGCTCAAACTGGCTGATGCTGGCACCGTTTTGTGTCCAGTGACCGCTGTTATGCACACGCGGTGCCAGTTCGTTGATCAACAGACCTTGCGGGGTGACAAAACACTCCATCGCCATCACGCCCACA‑TAGCCCAGCTCCTGCATAATCGCGCTCAGCATCTCTTCGGCTTGCGCCTGCTGCTGTGCGTTGG‑CCTGCGGAAAAGCGACGCTGGTGCGCAAAATACCGTCCTGATGCAGGTTATGCGTCAGCGGATAAAACACGGTGCTGCCATCAAAGCCGCGCGCGCCAACCAGGCTCACTTCACCAGAGAAGTTAATGCCCTGCTCGACAATACATTCGCCGTAACACTCTGCCGGTAACTGTTCGGTTTCATTTGCGCGTAAACGCCATTGACCGCGACCGTCATAACCACCAGTGCGACGCTTAACA > CP042583/452190‑452747 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |