Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 614,371 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 614,371 | 0 | A | T | 99.5% | 517.0 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 614,372 | 0 | C | G | 99.1% | 505.8 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (112/102); minor base T (2/0); total (115/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 614,373 | 0 | T | A | 99.1% | 508.6 / NA | 217 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (113/102); minor base G (2/0); total (115/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TGAGGTCATCAATAATAAACGGGCCTGGCGGGAC‑TTTTTTCTGGTAAATGACGCGGCCACTTTGACTGATCGTCACCGTGGCATTGGTCTGTGCAATACCGCTAATTTGTGGGGCGTAGCCACGCAGCTCCCACGGTAACATTCGATCGTCACTCGCCAGTGCCGCGCCGGTATAAGAAAAACCATCGAAAATATTGGAACTGAAATCGGTTTCGCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATAGGTGCGGCTTATTCCGCCACTCTGGTCATGGTTATCTTCGCTATCGGTCTTATTAAGCTGGTAATCACTGCGTAAGCGCCATGCCCCGGCGTTAATTCCGGCGGTACCGTAGGCATTCAGGTTAGTGCTGCTGCTGCCGTCCTGTGGGCGGTAGCTGCTGGCAAACAAGTTGTAATCCATCAGGACACCGGCAACACCTTCTTTCCATGTAGAGGGGGGAGCCCAGTTTTCACTGTGCCACGCCAGCCAGGCTTGCGGAATACTAATATTCAGTTGCTGATTGGCTTGATCGA > CP042583/614091‑614645 ||| gTCATCAATAATAAACGGGCCTGGCGGGAC‑TTTTTTCTGGTAAATGACGCGGCCTGATTGACTGATCGTCACCGTGGCATTGGTCTGTGCAATACCGCTAATTTGTGGGGCGTAGCCACGCAGCTCCCACGGTAACATTCGATCGTCACTCGCCAGTGCCGCGCCGGTATAAGAAAAACCATCGAAAATATTGGAACTGAAATCGGTTTCGCCGAGGGTTAACTTAGAGCCTAATTGCGGTAATGGACGAAAAAGATTGGTTCGGGATATTCCGCCGTAATGGTCATgg > 1:65669/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |