Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 617,192 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 617,192 | 0 | A | T | 99.6% | 526.1 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (108/111); minor base G (1/0); total (109/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 617,193 | 0 | C | G | 100.0% | 528.9 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (109/111); total (109/111) | |||||||||||
* | CP042583 | 617,194 | 0 | T | A | 100.0% | 528.8 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (109/111); total (109/111) |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
CTGTCGCGACGGAAAGCATGGAACAGACGGGTAATCTGCTCGTGGATCATGGTATGACGGGTCACCGTAGTTTTAAATTCGTCATACTGTTCCTGAGTCGGTTTTTCACCATTCAGCAGGATGTAACAAACTTCCAGGTAGTTAGAATCGGTCGCCAGCTGATCGATCGGGAAACCGCGGTGCAGCAAAATACCTTCATCACCATCAATAAAAGTAATTTTAGATTCGCAGGATGCGGTACTAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTACTACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGAGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACG > CP042583/616917‑617470 ||| gagTCGCGACGGAAAGCATGGAACAGACGGGTAATCTGCTCGTGGATCATGGTATGACGGGTCACCGTAGTTTTAAATTCGTCATACTGTTCCTGAGTCGGTTTTTCACCATTCAGCAGGATGTAACAAACTTCCAGGTAGTTAGAATCGGTCGCCAGCTGATCGATCGGGAAACCGCGGTGCAGCAAAATACCTTCATCACCATCAATAAAAGTAATTTTAGATTCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTa < 2:424411/286‑1 (MQ=255) gagTCGCGACGGAAAGCATGGAACAGACGGGTAATCTGCTCGTGGATCATGGTATGACGGGTCACCGTAGTTTTAAAGTCGTCATACTGTTCCTGAGTCGGTTTTTCACCATTCAGCAGGATGTAACAAACTTCCAGGTAGTTAGAATCGGTCGCCAGCTGATCGATCGGGAAACCGCGGTGCAGCAAAATACCTTCATCACCATCAATAAAAGTAATTTTAGATTCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTa < 2:1500610/286‑1 (MQ=255) cgcgACGGAAAGCATGGAACAGACGGGTAATCTGCTCGTGGATCATGGTATGACGGGTCACCGTAGTTTTAAATTCGTCATACTGATCCTGAGTCGGTTTTTCACCATTCAGCAGGATGTAACAAACTTCCAGGTAGTTAGAATCGGTCGCCAGCTGATCGATCGGGAAACCGCGGTGCAGCAAAATACCTTCATCACCATCAATAAAAGTAATTTTAGATTCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGat < 2:1251873/289‑1 (MQ=255) gACGGAAAGCATGGAACAGACGGGTAATCTGCTCGTGGATCATGGTATGACGGGTCACCGTAGTTTTAAATTCGTCATACTGTTCCTGAGTCGGTTTTTCACCATTCAGCAGGATGTAACAAACTTCCAGGTAGTTAGAATCGGTCGCCAGCTGATCGATCGGGAAACCGCGGTGCAGCAAAATACCTTCATCACCATCAATAAAAGTAATTTTAGATTCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGatat < 1:1106190/288‑1 (MQ=255) 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cTCGTGGATCATGGTATGACGGGTCACCGTAGTTTTAAATTCGTCATACTGTTCCTGAGTCGGTTTTTCACCATTCAGCAGGATGTAACAAACTTCCAGGTAGTTAGAATCGGTCGCCAGCTGATCGATCGGGAAACCGCGGTGCAGCAAAATACCTTCATCACCATCAATAAAAGTAATTTTAGATTCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAAGTGAACACACCTTTTGAAACGAGAGTACGGAACTCAATAACATCTTGACCAAGCGTGCAttataga > 2:948637/1‑284 (MQ=255) tCGTGGATCATGGTATGACTGGTCACCGTAGTTTTAAATTCGTCATACTGTTCCTGAGTCGGGTTTTCACCATTCAGCAGGATGTAACAAACTTCCAGGTAGTTAGAATCGGTCGCCAGCTGATCGATCGGGAAACCGCGGTGCAGCAAAATACCTTCATCACCATCAATAAAAGTAATTTTAGATTCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGGCTTTCAGc < 1:699931/288‑1 (MQ=255) tGGATCATGGTATGACGGGTCACCGTAGTTTTAAATTCGTCATACTGTTCCTGAGTCGGTTTTTCACCATTCAGCAGGATGTAACAAACTTCCAGGTAGTTAGAATCGGTCGCCAGCTGATCGATCGGGAAACCGCGGTGCAGCAAAATACCTTCATCACCATCAATAAAAGTAATTTTAGATTCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGcaca < 2:1895357/288‑1 (MQ=255) tCATGGTATGACGGGTCACCGTAGTTTTAAATTCGTCATACTGTTCCTGAGTCGGTTTTTCACCATTCAGCAGGATGTAACAAACTTCCAGGTAGTTAGAATCGGTCGCCAGCTGATCGATCGGGAAACCGCGGTGCAGCAAAATACCTTCATCACCATCAATAAAAGTAATTTTAGATTCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAg < 2:623320/289‑1 (MQ=255) tATGACGGGTCACCGTAGTTTTAAATTCGTCATACTGTTCCTGAGTCGGTTTTTCACCATTCAGCAGGATGTAACAAACTTCCAGGTAGTTAGAATCGGTCGCCAGCTGATCGATCGGGAAACCGCGGTGCAGCAAAATACCTTCATCACCATCAATAAAAGTAATTTTAGATTCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCaa < 1:837518/288‑1 (MQ=255) gACGGGTCACCGTAGTTTTAAATTCGTCATACTGTTCCTGAGTCGGTTTTTCACCATTCAGCAGGATGTAACAAACTTCCAGGTAGTTAGAATCGGTCGCCAGCTGATCGATCGGGAAACCGCGGTGCAGCAAAATACCTTCATCACCATCAATAAAAGTAATTTTAGATTCGCAGGATGCGGTTGAAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACa > 1:1033885/1‑287 (MQ=255) 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gTCAAAGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGAGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAg < 2:287273/285‑1 (MQ=255) aGGTGAACACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGAGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGAAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATtg > 2:1914191/1‑289 (MQ=255) aaCACACCTTTTGAACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGAGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGAc > 2:881869/1‑289 (MQ=255) ||| CTGTCGCGACGGAAAGCATGGAACAGACGGGTAATCTGCTCGTGGATCATGGTATGACGGGTCACCGTAGTTTTAAATTCGTCATACTGTTCCTGAGTCGGTTTTTCACCATTCAGCAGGATGTAACAAACTTCCAGGTAGTTAGAATCGGTCGCCAGCTGATCGATCGGGAAACCGCGGTGCAGCAAAATACCTTCATCACCATCAATAAAAGTAATTTTAGATTCGCAGGATGCGGTACTAGTGAAGCCTGGGTCAAAGGTGAACACACCTTTACTACCGAGAGTACGGATATCAATAACATCTTGACCCAGCGTGCCTTTCAGCACATCCAGTTCAACAGCTGTATCCCCGTTGAGGGTGAGTTTTGCTTTTGTATCAGCCATTTAAGGTCTCCTTAGCGCCTTATTGCGTAAGACTGCCGGAACTTAAATTTGCCTTCGCACATCAACCTGGCTTTACCCGTTTTTTATTTGGCTCGCCGCTCTGTGAAAGAGGGGAAAACCTGGGTACAGAGCTCTGGGCGCTTGCAGGTAAAGGATCCATTGATGACG > CP042583/616917‑617470 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |