| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 619,917 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 619,917 | 0 | A | T | 99.6% | 513.8 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 619,918 | 0 | G | C | 99.6% | 516.3 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (109/110); minor base A (0/1); total (109/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 619,919 | 0 | C | G | 100.0% | 519.5 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (109/111); total (109/111) | |||||||||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
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cGCTTGGGTATCGGTACACGGCGCTAACCGTCTGGGCGGCAAC‑TCGCTGCTGGACCGGGTGGTCTTTGGTCGCGCGGCAGGTCTGCATCTGCAAGAGTCTATCGCCGAGCAGGGCGCACTGCGCGATGCCAGCGAGTCTGATGTTGAAGCGTCTCTGGATCGCCTGAACCGCTGGAACAATAATCGTAACGGTGAAGATCCGGTGGCGATCCGTAAAGCGCTGCAAGAATGTATGCAGCATAACTTCTCGGTCTTCCGTGAAGGTGATGCGATGGCGAAAGGGCTTGAg < 2:1320248/289‑1 (MQ=255) ||| AGGTCGCGGCTGTGATGGTCCGTGGGGGCCACACGCGAAACTGAAACTCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCGTACCTTCGCTCACGTCGATCCGGTGAAAGAGCCGATTCCGGTTATCCCAACCTGTCACTACATGATGGGCGGTATTCCGACCAAAGTTACCGGTCAGGCACTGACTGTGAATGAGAAAGGCGAAGATGTGGTTGTTCCGGGACTGTTTGCCGTTGGTGAAATCGCTTGTGTAAGCGTACACGGCGCTAACCGTCTGGGCGGCAAC‑AGCCTGCTGGACCTGGTGGTCTTTGGTCGCGCGGCAGGTCTGCATCTGCAAGAGTCTATCGCCGAGCAGGGCGCACTGCGCGATGCCAGCGAGTCTGATGTTGAAGCGTCTCTGGATCGCCTGAACCGCTGGAACAATAATCGTAACGGTGAAGATCCGGTGGCGATCCGTAAAGCGCTGCAAGAATGTATGCAGCATAACTTCAGCGTCTTCCGTGAAGGTGATGCGATGGCGAAAGGGCTTGAGCA > CP042583/619637‑620197 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |