Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 620,760 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 620,760 | 0 | A | T | 99.5% | 492.6 / NA | 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 620,761 | 0 | G | C | 98.6% | 486.8 / ‑2.3 | 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (116/91); minor base T (2/1); total (118/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 620,762 | 0 | C | G | 100.0% | 502.1 / NA | 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (118/93); total (118/93) |
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
TTCCCGCCGAAGATTCGTACTTACTAATGCGGAGACAGGAAAATGAGACTCGAGTTTAGTATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGAGCTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTAGCGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTCGCGAGCATTTACAGATGCCAGAGCAGCGCGAAAAACTCGACGGGCTGTATGAATGTATTCTCTGCGCATGTTGTAGTACCTCTTGTCCGTCTTTCTGGTGGAATCCCGATAAGTTTATCGGCCCGGCA > CP042583/620481‑621041 ||| tGCGGAGACAGGAAAATGAGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTc > 1:1186117/1‑289 (MQ=255) 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agaCAGGAAAATGAGACTCGAGCTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGccc > 1:579838/1‑288 (MQ=255) aaaaTGCGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATACCCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAg < 1:1049369/289‑1 (MQ=255) aaaaTGAGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGcc < 2:818147/287‑1 (MQ=255) 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gaCTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTAcc > 2:197073/1‑289 (MQ=255) tttcaaattAGCGCTCTAACCTGTTTGTTGATGATGCTCGGCGAATGCAGGATTACACCGTGGAGTGGGATGAAGGTAGGGACATGATGGTGCTGGGTGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCCGCCTGGCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTTTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCGACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCcg < 2:77417/282‑1 (MQ=255) aTTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGAtt < 1:1308446/289‑1 (MQ=255) aTTTATCGCGATAGCCGGGATGTTGAGGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGAtt < 2:529072/289‑1 (MQ=255) ttATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGGTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAGGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTtg < 1:1693501/289‑1 (MQ=255) gCTATACCCCGGATGTTGATGATGCTCCGCTGATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTggtggt < 2:921184/289‑1 (MQ=255) 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ccccGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTCGCGAGCATTTACAGATGCCAGAGCAGCGCGAAAAACTCGACGGGCTGTATGAATGTATTCTCTGCGCATGTTGTTCAACCTCTTGTCCGTCTTTCTGGTGGAATCCCGATAAGTTTATCGGCCCGGc > 1:470693/1‑289 (MQ=255) ccccGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTCGCGAGCATTTACAGATGCCAGAGCAGCGCGAAAAACTCGACGGGCTGGATGAATGTATTCCCTTCGCATGTTGTTCAACCTCTTGTCCGTCTTTCTGGTTGAATCCCGATAAGTTTAACGGCCCgg > 2:561100/1‑288 (MQ=255) ||| TTCCCGCCGAAGATTCGTACTTACTAATGCGGAGACAGGAAAATGAGACTCGAGTTTAGTATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGAGCTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTAGCGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTCGCGAGCATTTACAGATGCCAGAGCAGCGCGAAAAACTCGACGGGCTGTATGAATGTATTCTCTGCGCATGTTGTAGTACCTCTTGTCCGTCTTTCTGGTGGAATCCCGATAAGTTTATCGGCCCGGCA > CP042583/620481‑621041 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |