| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 630,546 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 630,546 | 0 | A | T | 99.1% | 535.3 / NA | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (120/107); minor base G (1/1); total (121/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 630,547 | 0 | G | C | 98.7% | 515.2 / NA | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (120/105); total (121/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 630,548 | 0 | C | G | 99.1% | 529.2 / NA | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base G (121/106); total (121/108) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
CGGTTTTATGTGTTCCTTTGACCTTGGAGGGCCAGTGAATAAAGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAA‑AATGGTTAGCGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTAGCTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCC‑TTAGCACACCCGGTGCCGGCATTTTCAGCCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCTGGTTTGGCGCGGCATTGGTGGGGGCTGCAATCAGCACTGCAATTCTCCTGATGTGGCGGCGTCACGCGGTTAAGCATGGCAACTATCTGACTGATGGCGTAATGCCATAAACAAAAAGGAAACGACGATGAAAGCAGTATCT > CP042583/630266‑630826 ||| ttATGTGTTCCTTTGACCTTGGAGGGCCAGTGAATAAAGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAA‑AATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTggg < 2:1254203/289‑1 (MQ=255) tATGTGTTCCTTTGACCTTGGAGGGCCAGTGAATAAAGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAA‑AATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTgg > 1:133013/1‑287 (MQ=255) ttgtttcccTTTGACCTTGGAGGGCCAGTGAATAAAGCCGCTTATGCATGCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAA‑AATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGct < 1:521931/282‑1 (MQ=255) aTGTGTTCCTTTGACCTTGGAGGGCCAGTGAATAAAGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAA‑AATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGct < 1:70115/289‑1 (MQ=255) gtactgggAGGGCCCGTGGATAACGCCGCTTATTGGTTCTGCCGGGGAGCAATGGGGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTACGTCAA‑AATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACgg < 2:351823/283‑1 (MQ=255) gCCAGTGAATAAAGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAA‑AATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGGTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTc > 1:1933679/1‑289 (MQ=255) ccAGTGAATAAAGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAA‑AATGGGTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGGTGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTGCCGAAGGGGCGATCCCGATGTCGATTGAAGATCCGTCGCGGGGTATGGGTTCGTTTGGGCTGGGCTCTGTGGTAACGGGCGCTATTg > 2:1942997/1‑286 (MQ=255) cAGTGAATAAAGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAA‑AATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCgg > 2:1558722/1‑289 (MQ=255) cAGTGAATAAAGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAA‑AATGGTTTCGGCAGTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGGTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGGATTACCGAAGGGGCGATCTCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGGTATTGGTTCGTTTTGGCTGGGCGCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCgg > 2:453238/1‑289 (MQ=255) gAATAAAGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAA‑AATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGt < 1:1273645/286‑1 (MQ=255) gAATAAAGCCGATTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAA‑AATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGt < 2:666426/286‑1 (MQ=255) atatAGCCGGTTTTGTATTTTGCCTGGGCGCAATGGCGAAAGGTGTTTCCGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAA‑AATGGTTTCGGGATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGAt < 2:1016437/289‑1 (MQ=255) aTAAAGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAA‑AATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGAt < 1:1248992/289‑1 (MQ=255) aaaGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAA‑AATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAAc < 2:1634381/266‑1 (MQ=255) aaaGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAA‑AATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTTCGTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAAc > 1:1634381/1‑266 (MQ=255) aaaGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAA‑AATGGTTTCGGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGCTCGTTTGTGCTGGGCTCGATGGTAACGGGCGCGATGGTGCGTGCGATGa > 2:54953/1‑289 (MQ=255) 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CGGTTTTATGTGTTCCTTTGACCTTGGAGGGCCAGTGAATAAAGCCGCTTATGCATTCTGCCTGGGCGCAATGGCGAACGGCGTTTACGGCCCGTATGCCATTTTCGCCTCCGTCAA‑AATGGTTAGCGCATTTACCGTAACCGCTTCCACGATGCTCGCACCGCGCCTGTTTAAAGAGTTTGAAATTGAGACCGGGAAATCCACCTGGCTGTTAGGGCTGGCAGGTATTACCGAAGGGGCGATCCCGATGGCGATTGAAGATCCGCTGCGGGTTATTGGTAGCTTTGTGCTGGGCTCTATGGTAACGGGCGCTATTGTCGGTGCGATGAATATCGGCC‑TTAGCACACCCGGTGCCGGCATTTTCAGCCTCTTTTTACTTCATGATAATGGCGCGGGCGGTGTTATGGCGGCAATTGGCTGGTTTGGCGCGGCATTGGTGGGGGCTGCAATCAGCACTGCAATTCTCCTGATGTGGCGGCGTCACGCGGTTAAGCATGGCAACTATCTGACTGATGGCGTAATGCCATAAACAAAAAGGAAACGACGATGAAAGCAGTATCT > CP042583/630266‑630826 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |