| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 641,195 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 641,195 | 0 | A | T | 99.6% | 600.4 / NA | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 641,196 | 0 | G | C | 99.6% | 597.4 / NA | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (127/127); minor base A (0/1); total (127/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 641,197 | 0 | T | A | 99.6% | 603.5 / NA | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (126/128); minor base C (1/0); total (127/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
GCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACAGCTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTAGTCCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGAGTCCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTAGTTTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCAGCCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGAGCAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTAACAATACCGAACCGACCTGGTTCCCGGATAGCCAGAACCTG > CP042583/640916‑641479 ||| tATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACGGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGtt < 2:1140160/289‑1 (MQ=255) acgtgttgACACTGGCGGCTGACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTaaa < 2:1384491/286‑1 (MQ=255) aCTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTaaa < 1:1754528/289‑1 (MQ=255) aCTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACTCGTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTaaa < 2:424988/289‑1 (MQ=255) 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tGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTAACAATACCGAACCGACCTGGTTCCCgg < 1:1430233/288‑1 (MQ=255) tGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTAACAATACCGAACCGACCTGGTTCCCgg < 2:1248521/288‑1 (MQ=255) tGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTAACAATACCGAACCGACCTGGTTCCCGGa < 2:915655/289‑1 (MQ=255) ttggtatCCATACGGTTCTCAACTGGATTATGTGTCTATCGACAGCGGTCGTTCCGCGCTGTTTATTCAGACGCTGGCAATTGGCGCTTGACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTA‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTAACAATACCGAACCGACCTGGTTCCCGGATAGCCAGAACCTg < 2:1543818/283‑1 (MQ=255) ||| GCTTATCAACTTGTTGACACTGGCGGCGCACCGGGTACTGTACTTGCTCAGAACAGCTACAAAGTGAACAAGCAGTGGCTGCGTTATGCTGGTCATACCGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTAGTCCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGAGTCCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTAGTTTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCAGCCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGAGCAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTAACAATACCGAACCGACCTGGTTCCCGGATAGCCAGAACCTG > CP042583/640916‑641479 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |