| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 641,294 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 641,294 | 0 | A | T | 99.6% | 626.9 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (122/144); total (122/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 641,295 | 0 | G | C | 99.6% | 628.6 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (121/144); total (122/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 641,296 | 0 | T | A | 98.5% | 613.4 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base A (120/143); total (122/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
CGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTAGTCCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGAGTCCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTAGTTTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCAGCCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGAGCAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTAACAATACCGAACCGACCTGGTTCCCGGATAGCCAGAACCTGGCATTTACTTCTGACCAGGCCGGTCGTCCGCAGGTTTATAAAGTGAATATCAACGGCGGTGCGCCACAACGTATTACC‑TGGGAAGGT > CP042583/641014‑641566 ||| cgacAGTGCTGAAATGTTTGAAAAACTGACCTGCATTAAAGGTGCTTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCcg < 2:70894/286‑1 (MQ=255)cGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCcg < 1:1633119/289‑1 (MQ=255) tataaatgttttGAAGAACTTAACAGCATTAAAGGTGGCTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCGACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTCCGCATATCTGACTATGACGGTTACAACCATTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCATACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATGCCCGCGTca < 2:1707823/278‑1 (MQ=255) gtTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTTCACCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGTCACCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGc > 1:295098/1‑288 (MQ=255) 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ggCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTAACAATACCGAACCGACCTGGTTCCCGGATAGCCAGAACCTGGCATTTACTTCTGACCAGGCCGGTCGTCCGCAGGTTTATAAAGTGAATATCAACGGCGGTGCGCCACAACGTAtt > 1:215079/1‑289 (MQ=255) gcgcTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTAACAATACCGAACCGACCAGGTTCCCGGATAGCCAGAACCTGGCATTTACTTCTGACCAGGCCGGTCGTCCGCAGGTTTATAAAGTGAATATCAACGGCGGTGCGCCACAACGTATTACC‑Tggg < 1:728173/288‑1 (MQ=255) cTGTACGTCAGGTGGCTTCATTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCTCGCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGTCGAAAACCGGTTGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCCTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTCACAATACCGAACCGACCTGGTTCCCGGATAGCCAGAACCTGGCATTTACTTCTGACCAGGCCGGTCGTCCGCAGGTTTATAAAGTGAATAACCACGGCGGTGCGCCCCAACGTATTACCGTGGGagg > 2:1418138/1‑287 (MQ=255) ||| CGCCAGTGATGAAGTGTTTGAAAAACTGACCGGCATTAAAGGTGCGTTCCGTACTCGTATTGCCTACGTTGTTCAGACCAACGGCGGTCAGTTCCCGTATGAACTGCGCGTATCTGACTATGACGGTTACAACCAGTTTGTCGTTCACCGTAGTCCGCAGCCGCTGATGTCTCCGGCGTGGAGTCCAGACGGTTCTAAACTGGCTTATGTGACCTTCGAAAGCGGTCGTTCCGCGCTGGTTATTCAGACGCTGGCAAATGGCGCTGTACGTCAGGTGGCTAGTTTCCCGCGTCACAACGGTGCACCTGCATTCAGCCCAGACGGCAGCAAACTGGCATTC‑GCCTTGAGCAAAACCGGTAGTCTGAACCTGTACGTAATGGATTTGGCTTCTGGTCAGATCCGCCAGGTGACTGATGGTCGCAGTAACAATACCGAACCGACCTGGTTCCCGGATAGCCAGAACCTGGCATTTACTTCTGACCAGGCCGGTCGTCCGCAGGTTTATAAAGTGAATATCAACGGCGGTGCGCCACAACGTATTACC‑TGGGAAGGT > CP042583/641014‑641566 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |