Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 645,603 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 645,603 | 0 | A | T | 99.7% | 738.5 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (173/135); total (174/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 645,604 | 0 | G | C | 100.0% | 735.4 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (174/136); total (174/136) | |||||||||||
* | CP042583 | 645,605 | 0 | T | A | 99.7% | 742.0 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (174/135); minor base C (0/1); total (174/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
GTCGTCGTCTACGCCAACACTTCTGCTGCGGTAAAAGCGCGCGCAGATTGGGTGGTAACTAGTAGCATTGCCGTCGAACTTATTGATCATCTTGATAGTTTGGGTGAAAAAATCATCTGGGCACCCGACAAACATCTGGGGCGTTACGTGCAAAAACAGACGGGTGGAGACATTCTATGCTGGCAGGGTGCCTGTATTGTGCATGATGAATTTAAGACTCAGGCGTTAACCCGCTTGCAAGAAGAATACCCGGATGCTGCCATACTGGTGCATCCAGAAAGTCCACAAGCTATTGTCGATATGGCGGATGCGGTCGGTTCCACCAGTCAACTGATCGCTGCTGCGAAAACATTGCCACATCAGAGGCTTATTGTGGCAACCGATCGGGGTATTTTCTACAAAATGCAGCAGGCGGTGCCAGATAAAGAGTTACTGGAAGCACCAACCGCAGGTGAGGGTGCAACCTGCCGCAGCTGCGCGCATTGTCCGTGGATGGCCATGAATGGCCTTCAGGCCATCGCAGAGGCATTAGAACAGGAAGGAAGCAATCACGAGGTTCAT > CP042583/645324‑645884 ||| gtcgtcTACGCCAACACTTCTGCTGCGGTAAAAGCGCGCGCAGATTGGGTGGTAACTTCAAGCATTGCCGTCGAACTTATTGATCATCTTGATAGTTTGGGTGAAAAAATCATCTGGGCACCCGACAAACATCTGGGGCGTTACGTGCAAAAACAGACGGGTGGAGACATTCTATGCTGGCAGGGTGCCTGTATTGTGCATGATGAATTTAAGACTCAGGCGTTAACCCGCTTGCAAGAAGAATACCCGGATGCTGCCATACTGGTGCATCCAGAATCACCACAAGCTa > 2:335642/1‑289 (MQ=255) 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aCTTATTGATCATCTTGATAGTTTGGGTGAAAAAATCATCTGGGCACCCGACAAACATCTGGGGCGTTACGTGCAAAAACAGACGGGTGGAGACATTCTATGCTGGCAGGGTGCCTGTATTGTGCATGATGAATTTAAGACTCAGGCGTTAACCCGCTTGCAAGAAGAATACCCGGATGCTGCCATACTGGTGCATCCAGAATCACCACAAGCTATTGTCGATATGGCGGATGCGGTCGGTTCCACCAGTCAACTGATCGCTGCTGCGAAAACATTGCCACATCagag < 1:335642/288‑1 (MQ=255) gATCATCTTGATAGTTTGGGTGAAAAAATCATCTGGGCACCCGACAAACAGCTGGGGCGTTACGTGCAAAAACAGACGGGTGGAGACATTCTATGCTGGCAGGGTGCCTGTATTGTGCATGATGAATTTAAGACTCAGGCGTTAACCCGCTTGCAAGAAGAATACCCGGATGCTGCCATACTGGTGCATCCAGAATCACCACAAGCTATTGTCGATATGGCGGATGCGGTCGGTTCCACCAGTCAACTGATCGCTGCTGCGAAAACATTGCCACATCAGAGGCTTATtg < 2:1526045/289‑1 (MQ=255) tcTTGATAGTTTGGGTGAAAAAATCATCTGGGCACCCGACAAACATCTGGGGCGTTACGTGCAAAAACAGACGGGTGGAGACATTCTATGCTGGCAGGGTGCCTGTATTGTGCATGATGAATTTAAGACTCAGGCGTTAACCCGCTTGCAAGAAGAATACCCGGATGCTGCCATACTGGTGCATCCAGAATCACCACAAGCTATTGTCGATATGGCGGATGCGGTCGGTTccac > 2:1734468/1‑234 (MQ=255) 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GTCGTCGTCTACGCCAACACTTCTGCTGCGGTAAAAGCGCGCGCAGATTGGGTGGTAACTAGTAGCATTGCCGTCGAACTTATTGATCATCTTGATAGTTTGGGTGAAAAAATCATCTGGGCACCCGACAAACATCTGGGGCGTTACGTGCAAAAACAGACGGGTGGAGACATTCTATGCTGGCAGGGTGCCTGTATTGTGCATGATGAATTTAAGACTCAGGCGTTAACCCGCTTGCAAGAAGAATACCCGGATGCTGCCATACTGGTGCATCCAGAAAGTCCACAAGCTATTGTCGATATGGCGGATGCGGTCGGTTCCACCAGTCAACTGATCGCTGCTGCGAAAACATTGCCACATCAGAGGCTTATTGTGGCAACCGATCGGGGTATTTTCTACAAAATGCAGCAGGCGGTGCCAGATAAAGAGTTACTGGAAGCACCAACCGCAGGTGAGGGTGCAACCTGCCGCAGCTGCGCGCATTGTCCGTGGATGGCCATGAATGGCCTTCAGGCCATCGCAGAGGCATTAGAACAGGAAGGAAGCAATCACGAGGTTCAT > CP042583/645324‑645884 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |