| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 458,841 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 458,842 | 0 | G | C | 99.4% | 414.9 / NA | 176 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (103/72); minor base A (0/1); total (103/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.15e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 458,843 | 0 | T | A | 100.0% | 422.5 / NA | 176 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (103/73); total (103/73) | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
CTAACGGGGCTCTCTATTTTTTAGAATAGAGTGCATATTTTCAATTAAGACATTCTTAGAGGATAAAAAGGAATTTACTACTATCAGTGTCTTAAATAAAGTAATCGGTTATATACGGATGTGGAGTCGATAAATGAGATTGAAGGAATATATATGAAATTAAGATTTATTAGCTCTGCGCTGGCTGCCGCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTAGTGTGAATACTGACAGCGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTACCGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATTCCATTCACCATTCAGTTGAACGACTGCGATCCTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGTTGCATTTTCTGGTCAGGCTGATGCAATCAATGATAATTTATTGGCCATTGCATCCAGTACCAATACAACAACAGCAACGGGTGTCGGTATTGAAATACTTGATAATACATCCGCAATTCTCAAACCTGATGGG > CP042583/458565‑459122 ||| cTAACGGGGCTCTCTATTTTTTAGAATAGAGTGCATATTTTCAATTAAGACATTCTTAGAGGATAAAAAGGAATTTACTACTATCAGTGTCTTAAATAAAGTAATCGGTTATATACGGATGTGGAGTCGATAAATGAGATTGAAGGAATATATATGAAATTAAGATTTATTTCGTCTGCGCTGGCTGCCGCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTTCAGTGAATACTg < 2:1618081/289‑1 (MQ=255) 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CTAACGGGGCTCTCTATTTTTTAGAATAGAGTGCATATTTTCAATTAAGACATTCTTAGAGGATAAAAAGGAATTTACTACTATCAGTGTCTTAAATAAAGTAATCGGTTATATACGGATGTGGAGTCGATAAATGAGATTGAAGGAATATATATGAAATTAAGATTTATTAGCTCTGCGCTGGCTGCCGCACTATTCGCCGCTACGGGTAGTTATGCTGCCGTTGTAGATGGCGGTACAATTCACTTTGAAGGCGAACTGGTGAATGCTGCCTGTAGTGTGAATACTGACAGCGCAGACCAGGTTGTCACACTCGGTCAATATCGTACCGATATTTTCAATGCTGTTGGTAATACCTCTGCATTAATTCCATTCACCATTCAGTTGAACGACTGCGATCCTGTTGTTGCCGCTAATGCTGCCGTTGCATTTTCTGGTCAGGCTGATGCAATCAATGATAATTTATTGGCCATTGCATCCAGTACCAATACAACAACAGCAACGGGTGTCGGTATTGAAATACTTGATAATACATCCGCAATTCTCAAACCTGATGGG > CP042583/458565‑459122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |