| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 658,900 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 658,900 | 0 | A | T | 98.6% | 476.3 / ‑4.0 | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (114/90); minor base C (3/0); total (117/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 658,901 | 0 | G | C | 97.6% | 451.7 / ‑6.3 | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/4); new base C (116/84); total (117/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 658,902 | 0 | C | G | 99.5% | 474.7 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (116/90); total (117/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
AAAGCATTTTATGATTATCTGAAGGGACCGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TAGCATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGAGCTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGT‑TTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCGTTCTCTCGGT > CP042583/658622‑659181 ||| ttttATGATTATCTGAAGGGTCCGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATAAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGGAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCgg < 1:787369/289‑1 (MQ=255) ttATGATTATCTGAAGGGACCGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGTTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAACGCTCTTCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCggct > 2:1661926/1‑287 (MQ=255) ttATGATTATCTGAAGGGACCGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGTGCAACGCTCTGCTCGACCTCGTACTGCATCTATCGCTGGTGTTACCGTCCGTGGTCGTCGTTTCCTCTTTATTTGT‑GTCGATGGGCCGGCGCggtt > 2:1326242/1‑287 (MQ=255) gATTATCTGAAGGGACCGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGATTTAt < 1:298915/289‑1 (MQ=255) tCTGAAGGGACCGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTg < 1:1380434/289‑1 (MQ=255) gAAGGGACCGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGGCCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAAc < 1:1571400/289‑1 (MQ=255) gAAGGGACCGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAAc < 2:800024/289‑1 (MQ=255) aCCGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGt > 1:69811/1‑289 (MQ=255) cGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTATGCCTGAAAGTTTCTTCCCTTGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTCCCTGGTTACTGGTTCGTTGCACGTTTCCGTGCAACGCTCTGCTCGACCGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTCCCGCCCGTGGTCGTCGTTTACTTATTATTCGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGCTTTATCGGTGAACGTCTGttt > 1:1337665/1‑287 (MQ=255) aggcagCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATg > 1:1439732/1‑287 (MQ=255) 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tCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTAtt > 2:354155/1‑289 (MQ=255) cAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCtt > 2:385102/1‑273 (MQ=255) tCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTGCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAAc < 1:274930/242‑1 (MQ=255) cAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTggcgcggcg < 1:792962/289‑1 (MQ=255) aaaGTAATGGTACTTACAGGTCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGATAGTTTCTTCCCTGGTTGTTCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTggcgcggcg < 2:727423/288‑1 (MQ=255) aTACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGAc > 2:1615222/1‑243 (MQ=255) aTACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGAc < 1:1615222/243‑1 (MQ=255) tACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCg < 1:1328421/288‑1 (MQ=255) aCTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACGGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTtctc > 2:261261/1‑286 (MQ=255) tGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTATCTGGCTCGGCGCGGTTCTCGCTg > 2:1640169/1‑288 (MQ=255) gACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACGTTTGCTTTTAGCTGGCGCGGCGCCGTTCTCGCTgcc > 2:360537/1‑289 (MQ=255) aCCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGgcgcggcgcg > 1:1318030/1‑276 (MQ=255) 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gTTACTTTTTATTAGT‑TTCGGTGGGCCGGGGCTGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGCCTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGT‑TTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCg < 2:319363/289‑1 (MQ=255) ttACTTATTATTAGT‑TTCGGTGGGCCGCGGCGGATTTATCGGTGACCGTATGTATGGCTGGTTTGTGATTACCTTCGCCTTTAGGTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCGGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGACAATTCGTCTGGCGCTGGAAGAGGTTGATGTAAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGT‑TTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCg < 2:816939/288‑1 (MQ=255) cTTATTATTAGT‑TTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGT‑TTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCGTtc > 1:1736091/1‑288 (MQ=255) ||| AAAGCATTTTATGATTATCTGAAGGGACCGCAGGCAGCGGAAATCTTTAAACGTTACGGATTTACAATCAAGTAATGATACTGACCGATCCAGAATGGCAGGCAGTTTTATTAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGT‑TAGCATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCGGTTCTCGCTGCCGCCGTCATGAGCTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGT‑TTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCGTTCTCTCGGT > CP042583/658622‑659181 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |