| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 659,002 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 659,002 | 0 | A | T | 98.6% | 496.7 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (103/109); minor base G (1/2); total (105/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 659,003 | 0 | G | C | 99.5% | 497.6 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (104/110); total (105/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 659,004 | 0 | C | G | 100.0% | 502.9 / NA | 216 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (105/111); total (105/111) | |||||||||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
TAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTAGCATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGAGCTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCGTTCTCTCGGTGAGTTTGGTGCAACCATCACCTTTGTGAGCAACATTCCTGGTGAAACGCGAACCATTCCTTCTGCCATGTATACCCTGATCCAGACCCCCGGCGGGGAAAGTGG > CP042583/658733‑659285 ||| cTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGc < 1:354155/287‑1 (MQ=255) gAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTCCGAGGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGGCTGTATGACTGGTTTGGTTTTACCTGCGCATTCAGCTGGCGCGGCGCG‑‑TTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAAtt > 2:579410/1‑289 (MQ=255) gAAAGTTTCTTCCCTGGATGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTCCTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACGGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGGCCGGCCGG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCGTTTCGTTTCCGCCGATGGTCCGGGTAAt > 2:840648/1‑288 (MQ=255) aaaGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTc > 1:590364/1‑289 (MQ=255) aaGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCg > 1:1842743/1‑289 (MQ=255) tGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGa < 2:1861079/289‑1 (MQ=255) gtgctgtTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGAG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCGGGTGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTTGAAgggg > 1:1130951/1‑289 (MQ=255) tgctgtTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCCCCGTCATGCCGTTTCCGCTGATAGTGCGGGCCATTCGTCTGGCGCTGGAAGgtgt > 1:1543852/1‑289 (MQ=255) gctgtTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGtt > 1:1090799/1‑289 (MQ=255) gctgtTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGtt > 2:731155/1‑289 (MQ=255) gctgtTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGt < 1:1175508/288‑1 (MQ=255) gctgtTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCCCGGCGCG‑‑GTTCTCTCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGCTCCGGGCACTTCGTCCGGCCCTGGCACGGGtt > 2:1865868/1‑289 (MQ=255) ctgtTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTg > 1:390091/1‑289 (MQ=255) ttAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATg > 1:1781898/1‑288 (MQ=255) ttAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGt < 1:1254599/289‑1 (MQ=255) aGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCa < 2:1090799/289‑1 (MQ=255) 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cTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCaaa < 1:1508527/288‑1 (MQ=255) tGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCaa > 2:226840/1‑286 (MQ=255) cGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGGTGATGTCAAACGGGa > 1:311602/1‑289 (MQ=255) 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tGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAg < 2:822631/289‑1 (MQ=255) tgtttttgttGCTTGTTTACTGGTGCGTTGTATGTTTCCGGGACAAGCTTTGCTCGACAGCGTTCTGCATCTAGCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTTCTTATTATTAGTTTCGATGGGACGGCGCGGATTTGTCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTGGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGc < 2:1440940/284‑1 (MQ=255) ggtCTTTTTTGCCGGGTTTCGGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTCGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTTGGATGGGACGGCGCGGATTTCTCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATGACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGc < 2:1212816/286‑1 (MQ=255) 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gcgcg‑‑gTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCGTTCTCTCGGTGAGTTTGGTGCAACCATCACCTTTGTGTCGAACATTCCTGGt > 2:1752028/1‑248 (MQ=255) cgcg‑‑gTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCGTTCTCTCGGTGAGTTTGGTGCAACCATCACCTTTGTGTCGAACATTCCTGGTGAAACGCGAACCATTCCTTCTGCCATGTATACCCTGATCCAg > 1:685240/1‑289 (MQ=255) gTTCTCGCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCGTTCTCTCGGTGAGTTTGGTGCAACCATCACCTTTGTGTCGAACATTCCTGGTGAAACGCGAACCATTCCTTCTGc > 1:1871286/1‑266 (MQ=255) gCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCGTTCTCTCGGTGAGTTTGGTGCAACCATCACCTTTGTGTCGAACATTCCTGGTGAAACGCGAACCATTCCTTCTGc < 1:439769/260‑1 (MQ=255) gCTGCCGCCGTCATGTCGTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCGTTCTCTCGGTGAGTTTGGTGCAACCATCACCTTTGTGTCGAACATTCCTGGTGAAACGCGAACCATTCCTTCTGc > 2:439769/1‑260 (MQ=255) cATGTGGTTTCCGGTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGGTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCGTTCTCTCGGTGAGTTTGGTGCAACCATCACCTTTGTGTCGAACATTCCTGGTGAAACGCGAACCATTCCTTCTGCCATGTATACCCTGATCCAGACCCCCGGCGGGGAAAGTgg < 2:390091/288‑1 (MQ=255) ||| TAAGCCTGAAAGTTTCTTCCCTGGCTGTGCTGTTTAGCCTGCCGTTTGGGATCTTTTTTGCCTGGTTACTGGTGCGTTGCACGTTTCCGGGCAAAGCTCTGCTCGACAGCGTACTGCATCTACCGCTGGTGTTACCGCCCGTGGTCGTCGGTTACTTATTATTAGTTAGCATGGGACGGCGCGGATTTATCGGTGAACGTCTGTATGACTGGTTTGGTATTACCTTCGCCTTTAGCTGGCGCGGCGCG‑‑GTTCTCGCTGCCGCCGTCATGAGCTTTCCGCTGATGGTGCGGGCAATTCGTCTGGCGCTGGAAGGGGTTGATGTCAAACTGGAACAGGCCGCAAGAACACTGGGGGCCGGGCGCTGGCGCGTTTTCTTTACTATCACGTTACCGCTGACCTTACCGGGAATTATTGTTGGTACGGTACTGGCTTTTGCTCGTTCTCTCGGTGAGTTTGGTGCAACCATCACCTTTGTGAGCAACATTCCTGGTGAAACGCGAACCATTCCTTCTGCCATGTATACCCTGATCCAGACCCCCGGCGGGGAAAGTGG > CP042583/658733‑659285 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |