Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 451,838 | A→G | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 451,838 | 0 | A | G | 99.5% | 862.3 / NA | 365 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (184/179); minor base T (2/0); total (186/179) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 365 total aligned reads displayed.
CTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTAGCATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTAAGCCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTAGCCTGTAATCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGCAATTGGTGCACAATGCCTGATGCGATGCTTGACGCATCTTATCAGGCCTACAATGGGTACCGGATCGGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCAAGAATAGAGCACCAGTTAACCGAACTTACTCTGCGCCCAAATCACGCCGCTGGCATATTCCGGCGGCAGCAGCGGGATTAAGGCTTCCAGCGTCGCAGTCAGACG > CP042583/451554‑452122 | ctcGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGt > 2:314230/1‑289 (MQ=255) ctcGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGt < 1:1616404/289‑1 (MQ=255) tcGCCGCGGGGTTGCTCGCCGAGAAGATTAAGGCAGGTGGCCTGGTGATACTCACCGATGCGGTGGCGGGATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCAATGCCACACCGGATGATTTAGCGCCATTTGCGAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAGCGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACACGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGATTTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGTACCTGTATTTCGCTGTAGTCgga < 2:1795882/289‑3 (MQ=255) gcgccgcTGCGTTGATCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGCTCCTCGCCGATGCTGATGCGGTATATGACAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTGTGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTa < 2:445773/288‑1 (MQ=255) 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atGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGc < 1:1274590/289‑1 (MQ=255) cgtGGGGAACGCCCGAGCAACGGGCCATTCGCCAGGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATGTGCCAAAGCCGAGGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGGGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGCTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTTCGCTGTAGTCGTAGGCATTAGACATTTGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTACAACCGGTGCCGCATCCGGCAATTgg < 2:1705960/287‑1 (MQ=255) cTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGCGCCATTTGCCAAAGCCGATGGTTCGATGGGGCCGAATGTAACGGCGGTGAGTGGTTATGTCAGAAGCCGTGGTAAACCCGCGTGGATTGGGGCGTTATCGCGAATTGAAGAGACGGTGGCGGGCGAAGCGGGGACCTGTATTTTGCTGTAGTTGTAGGCATTAGACCTTTGTGCCTGATGCCGCCCTTGACTCGTTTTATTCGGCCTCCAACAGGTGCCGCATCCGGCactgtgt > 2:708773/1‑283 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |