| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 437,209 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 437,209 | 0 | A | T | 99.6% | 655.8 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 437,210 | 0 | G | C | 99.6% | 653.5 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (142/132); minor base A (0/1); total (142/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 437,211 | 0 | T | A | 98.9% | 651.7 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (141/131); minor base C (1/2); total (142/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |