| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 438,520 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 438,520 | 0 | A | T | 99.4% | 774.2 / NA | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 438,521 | 0 | G | C | 99.7% | 764.8 / NA | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (166/155); minor base T (1/0); total (168/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 438,522 | 0 | T | A | 99.7% | 769.6 / NA | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (167/154); total (168/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
GTTCATAACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCTTTTTTATTCTCGGCTTGTCTACCTTTAGTATTATGCTGGCAATTATCCTCAGCGCCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGAGTCTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTTAATTACTTTCTTAATCTTCTGGCTGGTCAACGTTGGTATAGGTTTTGGCGGTGGCAAAGTTTTAAATAAATTCACTGCCATTCTTAACCCGTGCATCTATATCGTTTTCGGCGGTATGGCGATTTGGGCGATTAGTCTGGTCGGGATCGGTCCAATCTTTGACTACATTCCGAGCGGTATTCAGAAA > CP042583/438256‑438801 ||| aTAACGTTCCCAATTATGTGATGGTCGGCGGCTTTTTTATTCTCGGCTTGTCTACCTTTAGTATTATGCTGGCAATTATCCTCAGCGCCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTGCGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGGCACTGGCCTGCTTGATTTTGATTGGcca > 2:2054088/1‑287 (MQ=255) 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