| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 662,945 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 662,945 | 0 | A | T | 99.3% | 701.5 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base T (132/161); total (136/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 662,946 | 0 | C | G | 99.0% | 704.0 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (133/160); minor base T (2/1); total (136/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 662,947 | 0 | T | A | 100.0% | 715.9 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (136/161); total (136/161) | |||||||||||
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
AGGCATTGCCAGGCCAGGAAGCGCGCTAATCCCCAGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAAACTCGTGCTAA‑GATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGAACTATTTGTGACGTTGTTCATGTTTATGCCAAAGTCACTTTCGTTACACAGCACGCTTTCCATGCAATTATTCGTGCCTTGTTCCAGAATCCGCACTTTAATATTGGGATACAGCTCATTAAATTTACCGATTGCCAGCGGTAAAAAATAAAATACTGCGGTCGGAATACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCT > CP042583/662666‑663224 ||| atggcaaggccaggAAGCGCCGAAATCCCCCGTCCCGCCTCCACCAGTCCTAATGACGTCGAAA‑GATGACGCACTTCGTAAAACCAGTCCAGCTTCCAGGGCTTGTCGGCCAGCTGTTGTTCTATCAACAGTCGGTTGCCGCTGGAGGAGCGTACGCCAATCATTTTGTAACCCACTAACTCCTGCCATTCTACAAGCTGCTTTTTGGCCAATGGATGGTCACGCCGACAGGCCAGCACGAACGGCTCGTTGACCAGTGGGGTAAAATCAATGGATGAATTTGTGACg < 2:1702087/282‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |