| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 663,392 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 663,392 | 0 | A | T | 99.6% | 567.6 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 663,393 | 0 | C | G | 100.0% | 563.3 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (124/112); total (124/112) | |||||||||||
| * | CP042583 | 663,394 | 0 | T | A | 99.6% | 558.7 / NA | 236 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (124/111); total (124/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
ACACGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAAGCTACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTACTTAATTCATGCTTCATTATTACTCCGGAAAATGGAAG‑GCTGCTTTTTGGGTGGCTGGCCGTTAAAAATTTTAACTGCATTTAGCCAACTTAAATTAATGAAAAAATGTTATTAATCGTTGAGCTAAAGTCATTAGAGATGCTTTGCCCTTAATGTAACCATATCGCAATAAGTTATGTTTTTAAATTGAGGGCATTATTATGAAAAAAATACCCTGCGTGATGATGCGAGGTGGAACCAGCAGGGGCGCGTTCCTGTTAGCGGAACATTTACCCGAAG > CP042583/663113‑663671 ||| acacGCTAACGTCACCATACCACGATGATAAGCATTCATATCACGAATATTAAAAAGCGTTTCATCGAATTTCTTTATTAATTCCCGCGCCTCCGGGAGCAACCTTTTTCCTGCTTTTGTTAACGTAACCTTGCGAGTTGTACGCTCAAATAGTTGAACATGTAAATCTTCCTCCATCTTTTTTATTCTTCGCGTTAATGCAGGTTGCGTAATATTGAGTAATTTAGCGGCATTGTTAAACGAACTGGACTCTGCCAGTATGACAAATGCCTTCATACTTGATAATTCa < 1:439351/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |