Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 663,932 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 663,932 | 0 | A | T | 99.3% | 724.6 / ‑5.9 | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (167/135); minor base C (2/0); total (169/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 663,933 | 0 | G | C | 99.3% | 706.9 / NA | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (168/133); total (169/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 663,934 | 0 | C | G | 99.7% | 722.1 / NA | 304 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (168/135); total (169/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
CGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTAGCCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCAAATGGTGTTGTCGAGTACGAGGGTAGCGCCAGAATTGACGGCGTACCGGGTACTGCCGCACCGGTTGCGCTCACTTTCCTGAATGCCGCTGGAACCAAAACCGGAAAAGTTTTCCCGACTGATAATCAGATTGATTATTTTGACGATGTCCCGGTGACCTGTATCGATATGGCGATGCCAGTCGTCATTATTCCGGCTGAA > CP042583/663654‑664204 ||| cGGAACATTTACCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTa > 1:2521834/1‑288 (MQ=255) aCCCGAAGATCAAACGCAGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGcgtacgt > 1:571872/1‑289 (MQ=255) tCAAACGCAGCGCGATAAAAGATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACGGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAAc < 1:1807160/289‑1 (MQ=255) aGCGCGTTCAAATATTAATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATa < 1:1110107/288‑1 (MQ=255) aGCGCGTTAAAATATGAATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATa < 1:1528062/288‑1 (MQ=255) aGCGCGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATa < 2:730912/288‑1 (MQ=255) gcgcGATAAAATATTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGCCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTCATGGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACg > 2:1288837/1‑289 (MQ=255) 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tatTGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTcgcg < 2:1937704/255‑1 (MQ=255) tGATGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGa > 1:1583151/1‑289 (MQ=255) aTGGCAATTATGGGTTCCGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTTCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGaa > 1:48146/1‑288 (MQ=255) 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gggTTAGGGTAACGATTTGGGATCGGCCTGTATTGCGGTGGGTAACCCACTGACCGGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCGGCGATCCGCGTTGTGATGTCACTTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAATGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATGCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCaa < 2:512715/289‑1 (MQ=255) cGGTAACGATTTGGAATTTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCTCTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGGGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATCGAAGCTGATGTGCAAACGCCa < 2:117328/289‑1 (MQ=255) cGGTAACGATCTGGAAATTGACGGTATTGGCGGCGGTAATCCACTGACCAGTAAAGTCGCCATTATTAGCCGTTCCAGCGATCCGCGTGCTGATGTCGATTATCTGTTTGCGCAGGTAATCGTTCATGAGCAACGTGTCGATACCACGCCTAACTGCGGCAATATGCTGTCTGGTGTTGGGGCATTCGCCATTGAAAATGGTTTGATTGCAGCGACTTCGCCAGTTACTCGCGTACGTATCCGCAACGTCAATACGGGTACGTTCATTGAAGCTGATGTGCACACGACa > 2:136249/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |