Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 666,514 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 666,514 | 0 | A | T | 100.0% | 691.5 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 666,515 | 0 | G | C | 99.7% | 681.3 / ‑6.2 | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (133/150); minor base A (1/0); total (134/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 666,516 | 0 | T | A | 99.7% | 685.3 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (133/150); minor base C (1/0); total (134/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
TCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCTGGAGCATTTGATGATCAAGTTATCTGAAAAAGGCGTGTTTCTCGCCAGTAATAACGAAATAATTGCCGAAGAACATTTCACCGGCGAAATTAAAAAAGAAGAAGCCAAAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTAGCCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATAGTTTAGCCTCTCACGATATTACCTTTGTTGGTATTGTACAGACCGCTAAAGCGTCCGGTATGGAACGTTTCCCGCTGCCGTATGTGCTGACCAACTGCCATAACAGTCTC‑TGCGCCGTCGGCGGCACTATTAACGGTGATGACCATGTTTTTGGTTTAAGCGCGGCCCAGCGTTATGGCGGTATTTTTGTGCCTCCGCATATTGCGGTCATCCATCAATATATGCGTGAGATGATGGCAGGCGGCGGCAAAATGATCCTCGGGAGTGACAGCCACACCCG > CP042583/666238‑666794 ||| tCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTGCGCACTTCACGGTGCGCAGATATCTGGAGCATTTGATGATCAAGTTATCTGAAAAAGGCGTGTTTCTCGCCAGTAATAACGAAATAATTGCCGAAGAACATTTCACCGGCGAAATTAAAAAAGAAGAAGCCAAAAAAGGCACTATTGCCTGGTCTATTCTCTCTTCGCATAATACGTCCGGAAATATGGATAAACTTAAAATTAAGTTTGATTCATTAGCCtctc < 2:282199/289‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |