Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 460,365 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 460,365 | 0 | A | T | 99.8% | 1017.1 / NA | 421 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 460,366 | 0 | G | C | 99.8% | 1000.3 / NA | 421 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (209/210); total (209/212) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 460,367 | 0 | C | G | 99.5% | 1009.0 / NA | 421 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (207/212); minor base T (2/0); total (209/212) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 421 total aligned reads displayed.
GGAGTGCAGGGAAAGCTGAAATTTCAGACCGTTAATGATTATGGTAGTGTAACTCCGGTCAGAGAAGTGAACTTAAACTAACCGAATCATCTGACAATATCAGAGCTAATTATGAAAATACCCACTACTACGGATATTCCGCAGAGGTATACCTGGTGTCTGGCCGGAATTTGTTATAGTTCTCTTGCCATTTTACCCTCCTTTTTAAGCTATGCGGAAAGTTATTTCAACCCGGCATTTTTATTAGAGAATGGCACATCCGTTGCTGATTTAAGCCGCTTTGAGAGAGGTAATCATCAACCTGCGGGCGTGTATCGGGTGGATCTCTGGCGTAATGATGAGTTCATTGGTAGCCAGGATATCGTATTTGAAAGCACAACAGAAAATACAGGTGATAAAAGTGGTGGGTTAATGCCCTGTTTTAACCAGGTACTTCTTGAACGAATTGGCCTTAATAGCAGTGCATTTCCCGAGTTAGCCCAGCAGCAAAACAATAAATGCATCAATTTACTGAAAGCTGTACCTGATGCCACAATTAACTTTGATTTTGCA > CP042583/460092‑460643 ||| tGCAGGGAAAGCTGAAATTTCAGACCGTTAATGATTATGGTTCAGTAACTCCGGTCAGAGAAGTGAACTTAAACTAACCGAATCATCTGACAATATCAGAGCTAATTATGAAAATACCCACTACTACGGATATTCCGCAGAGGTATACCTGGTGTCTGGCCGGAATTTGTTATTCATCTCTTGCCATTTTACCCTCCTTTTTAAGCTATGCGGAAAGTTATTTCAACCCGGCATTTTTATTAGAGAATGGCACATCCGTTGCTGATTTATCGCGCTTTGAGAGAGGTaa > 1:2032373/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |