| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 697,902 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 697,902 | 0 | A | T | 99.3% | 653.9 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (128/148); minor base C (2/0); total (131/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 697,903 | 0 | G | C | 100.0% | 664.1 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (131/149); total (131/149) | |||||||||||
| * | CP042583 | 697,904 | 0 | C | G | 99.6% | 663.6 / NA | 280 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (130/149); total (131/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
GTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGAGTTTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCAGCTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTAAAGAGATCGGGCGCGGG > CP042583/697623‑698180 ||| gACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCt < 1:711349/288‑1 (MQ=255) cGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGAt > 1:794463/1‑289 (MQ=255) tttAGGTTTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGAGCAGCCGCGTTACCGTGTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATTcag < 2:466220/289‑1 (MQ=255) tttACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGTCATTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATTcag < 1:2285267/289‑1 (MQ=255) 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ttGAGGTGCAAAGCCTGCCGATGGCCTCGTTTAACCTGATTCAGAAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTa < 2:1917917/288‑1 (MQ=255) aGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTaaata > 1:930899/1‑287 (MQ=255) gCCGAGCGCCTCGTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTAAAGAGATCGGGCGCggg > 2:781274/1‑289 (MQ=255) ||| GTGACGGATTTACGTCTGATGTTGCTGGTTCAGGGCGATCAGCCGCGTTACCGTTTAGTTGAACTGCACCGCAAACGCGTCGCCAACGGTGAGCGCAGCGTGCTGGTGGGCTTACAGAGTTTTGCCGAAGGGCTTGATTTGAAAGGTGATCTGCTCAGCCAGGTGCATATCCACAAAATCGCTTTTCCGCCCATCGACAGCCCGGTGGTGATCACCGAAGGGGAATGGCTGAAAAGCCTCAACCGCTATCCGTTTGAGGTGCAAAGCCTGCCGAGCGCCAGCTTTAACCTGATTCAGCAGGTTGGGCGACTGATTCGAAGCCACGGTTGCTGGGGCGAAGTGGTTATCTACGACAAACGCTTGCTGACCAAAAATTATGGCAAGCGACTACTGGATGCATTACCGGTATTTCCGATAGAGCAACCGGAAGTCCCTGAAGGTATAGTTAAAAAGAAAGAAAAAACGAAATCCCCACGCCGTCGGCGGCGTTAATGATGTGAGTCAGGTAAGGAGTCGTAAATGGACTATCGCAAAATCATTAAAGAGATCGGGCGCGGG > CP042583/697623‑698180 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |