| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 702,353 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 702,353 | 0 | A | T | 98.9% | 667.7 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 702,354 | 0 | C | G | 99.6% | 661.8 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (144/136); total (145/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 702,355 | 0 | T | A | 98.9% | 672.2 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (142/138); minor base C (3/0); total (145/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
TTAACACGCCGGGAATGTGGTACATCATACAATTTCTCCAAAAAGTGGGGCCTGCGCCCCACATCTGAATCAGAAATGCATATTGGCTGTGAGCAAGAAGGTTCTTGGCTCGCCCGGGTGATAACGGTAGCCGCTCTTGTTGATACTGGCGACGTAATCGGTATCAAACAGGTTGTAAACGTTTAGCTGGAAGTCGAGATTGCGATTAACTCGATACCCCAGTTTGGCATCGGCGACC‑CAGTAACCTTCGGTAAACGCTGGCGTTCCCACCGCGCCGTCACTACCTTTATGCATACTGCCGATATAGCGTGCGCCCGCGCCAACAGAGATATCGTCGGTTGCCTGATATTGGCTCCATAAGGTGAAGGCGTGCTCCGGGGTATACGGCAG‑GCTACTGGAACCATCCTGGGCAACATCTTTGCCGTTTTTGATGGTTGCTTTTTGCTGGGTATAGCCGCCAATCACCTGCCACGCGGGAGTGATATTCCCGGCCACGGATATCTCATAGCCTTCGACGCGTTTCTTACCGTATTGGCTGTAAGTTCCGTCATCATTTTGCTC > CP042583/702074‑702634 ||| atAACACGCCGGGAATGTGGTACATCATACAATTTCTCCAAAAAGTGGGGCCTGCGCCCCACATCTGAATCAGAAATGCATATTGGCTGTGAGCAAGAAGGTTCTTGGCTCGCCCGGGTGATAACGCTAGCCGCTCTTGTGGCTTGAGGCGACGTAATCGGCATAAACCAGGTGGTAAACGCTCAGCTGGAAGTCGAGATTGCGATTAACTCGAGCACGCAGTTCATCATCGGCGCCCGCAGTAACCTTCGGTAAACGTTGGCTTTCCCATAGCGCCGTCTCATCCttt > 2:554179/2‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |