| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 703,511 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 703,511 | 0 | G | C | 99.2% | 603.2 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 703,512 | 0 | C | G | 99.2% | 620.8 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (140/124); minor base T (1/1); total (142/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 703,513 | 0 | T | A | 98.9% | 613.7 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); major base A (137/124); minor base G (2/1); total (142/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
CACGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTGCTGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGACTCCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTGCTCGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGGCTCCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTGCTATCGTCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAG‑TATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCGTGTTGTGCTGGGTGACATGCAGATAATTAAGATACAAACGATTCGCTGTACCAAGGCCAAAAGCGACAGAAGGGGCGACGCCGTAACGCTCATTTTTGACTTTGTCGCGTCCGGCATCGTGCGTTTTTTCGCCCATTACATTCAGGCGCACCGC > CP042583/703232‑703798 ||| cACGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAAtcgtcg < 1:375650/289‑1 (MQ=255) 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catcatGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAATCGTCGTAATCGGAATCCg < 2:1928941/288‑1 (MQ=255) atcatGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCTTGCTCAAACCGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTCGAATCGTCGTATGCGCAATCCGt > 1:674228/1‑288 (MQ=255) atcatGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTCGAGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGTGACCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTCGACGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGCGACCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATTGTCGCGGTGTCGGGGGCCCGAGCTTCGTAATCTGAAtgctt > 2:1858760/1‑284 (MQ=255) 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CACGCCGGTACTGACATCATGACCGATAGAACCGGTATAGAACGTGCTGGTCAGGTTGGTCTGGTTGGTGAGAATTTTATTACTCACATCTTTGGTATTCGCCGTGCGACTCCAGGTCCAGCTATTCACATCGCTGGTGGGCTGAGTAATATTGCTCGCCCCGCCCATAATCGCCGTCATCAGGTAATCCTGCTTTACGCGGCTCCAACGGGTAGTATTGCGAATGGTGGTGTTATCGTTGATGTCGTGCTCAAAACGCATGGTGGCGGTGTCGGTGGTGCTATCGTCGTAATCGGAATCCGTGCCGTAAAAGTTATGAG‑TATCAACTTTTCCGGAATGATTCAGGGCCGCCGTTCCCGCAGATGGGGCAGAATAGCCCGGCAAACCGATGGTCGGAATGCCGCCGTCTGGCGTGTTGTGCTGGGTGACATGCAGATAATTAAGATACAAACGATTCGCTGTACCAAGGCCAAAAGCGACAGAAGGGGCGACGCCGTAACGCTCATTTTTGACTTTGTCGCGTCCGGCATCGTGCGTTTTTTCGCCCATTACATTCAGGCGCACCGC > CP042583/703232‑703798 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |