Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 712,980 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 712,980 | 0 | A | T | 99.4% | 736.3 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 712,981 | 0 | C | G | 100.0% | 744.5 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (146/164); total (146/164) | |||||||||||
* | CP042583 | 712,982 | 0 | T | A | 99.7% | 746.6 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (146/163); minor base G (0/1); total (146/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
CAGCGGTACTGTCTGAATAGAAAGATAAAAAAGATAATTCATCCCACCCAGGCTAACGCCGTAAAACAACAGCGGTAACCGTTGCTCTTTGGCAAAGCGCAGTCGCCATGGCTTAAAGAACGCGATGAGGATCAGCGTTCCTAATGCCAGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGACTCTTAGCTAAGCTGGCTCCACCCTGAATAGACGCCATGGCAACGAGCAATATGACTATTGGTAACCAGACCGGCATTTTACGTAAACTACCAGGCATCCTTTCTCCCACAAATATCTAGACTTAAGTAAAGCGTGGAGTGTACTGGATATACCCAATGCTGGTTGAGCATTTGTTGAAAAAATTTTCCCCCGTTTTGACTAAAATGCGCCAGGATTGATGGAATCATTAGTCTGGTGATTAGGAATAATCTGGATGAATGACAGGGAAAACATGCGTAATACTTACGCAGTTCTCTGAAAAAGTGATTTAAATTTAGATGGATAGCGGTGTATGGAAACGTTCTGTTACATGAAATGGCCCGTT > CP042583/712701‑713258 ||| cGGTACTGTCTGAATAGAAAGATAAAAAAGATAATTCATCCCACCCAGCGAAACGCCGTAAAACAACAGCGGTAACCGTTGCTCTTTGGCAAAGCGCAGTCGCCATGGCTTAAAGAACGCGATGAGGATCAGCGTTCCTAATGCCAGACGCAGCGCAGTGACACCCGGTGCGCCCACCAGAGGAAAAAGTGACTTAGCTAACGAGGCTCCACCCTGAATAGACGCAATGGCAACGAGCAATAAGCATCATGGTAAACAAACAGACAATTTACGGAAAGAACCaagata > 2:2668753/1‑283 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |