Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 734,098 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 734,098 | 0 | A | T | 100.0% | 686.7 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 734,099 | 0 | G | C | 99.7% | 666.1 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (144/142); total (144/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 734,100 | 0 | C | G | 100.0% | 683.0 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (144/143); total (144/143) |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
GACGCGGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCAGCGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGAGCATGGTGAGCCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTATCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATTGAGTATGACCATTGCGGTGAGCGGGATCAGCTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACA > CP042583/733826‑734380 ||| gcgGATTTGCAATAAGCAACGCAGGGAGTGGAATGCTTAATTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTcc > 1:1992004/1‑289 (MQ=255) 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aaTTACGTTATCAAACGCTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAAc > 1:1504910/1‑287 (MQ=255) gTTCTCAAACGGTTCCTGGGGTTGGTTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTGATGGTGTTGTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGc < 2:2112145/289‑1 (MQ=255) gTTATCAAACGGTTACTGGGGTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTTCCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCCTATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGACCTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGc < 2:1806120/289‑1 (MQ=255) 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attgtggTTGATTCCGACGCTGTTTATCGTCTCGGTTCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTTATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGt < 1:567840/284‑1 (MQ=255) tGGGGTTGATTCGTACGCTGTTTATCGTCTCGTTGCGAGTGTTGTTATTTGTCCATCTGCTGCCCGGGGATCCGGCGCGATGGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATGACCAGGAt < 2:1231491/289‑1 (MQ=255) gtataagagacaggTTTATCGTCTCGGTGCTGGTGTTTTTATTTGTCCATATGCTGCCCGGCGATCCGGCGCGATTGATTGCCGGGCCCGAAGCTGATGCGCAGGTTATAGAACTGGTGCGTCAGCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTg > 1:2228707/14‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |