| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 462,935 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 462,935 | 0 | A | T | 99.7% | 679.6 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 462,936 | 0 | G | C | 100.0% | 678.1 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (130/152); total (130/152) | |||||||||||
| * | CP042583 | 462,937 | 0 | T | A | 100.0% | 682.6 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (130/152); total (130/152) | |||||||||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
ATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACAGTCGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGAAGCAAAGCTTACAGCAAGCCGTCACTGTTATTAGCGCAGTTTGCACACATCCTGGCAGTTAAAGGAAATTATCAATAAGATAATCTGCAGATTATTATTGGCGATGGCATGTTTGTGTCTGGCAAACATATCCTGGGCTACTGTTTGTGCAAATAGTACTGGCGTAGCAGAAGATGAACACTATGATCTCAGTAATATCTTTAATAGCACCAATAACCAGCCAGGGCAGATTGTTGTTTTACCGGAAAAATCCGGCTGGGTAGGTGTCAGTGCAATTTGTCCACCCGGTACGCTGGTGAATTATACATACCGTAGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACA > CP042583/462655‑463204 ||| atttaAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACTGCGCGAACTCACGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGAAGCAAAGCTTACAGCAAGCCGTCACTGTTATTTCGGCAGTTTGCACACATCCTGGCTCATAAAGGAAATTATCAATAAGATAATCTGCAGATTATTATTGGCGATGGCATGTTTGTGTCTGGCAAACATATCCTGGGCTACTGTTTGTGCAAATAGTACTGGCGTAGCAGAAGATGAACACTATGATCTCTCAAATATc < 1:131790/289‑1 (MQ=255) 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ATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTGGGGAGACGGCGCGAACAGTCGCTGCATTGCGCACTATGTATTGCCGAAGCAAAGCTTACAGCAAGCCGTCACTGTTATTAGCGCAGTTTGCACACATCCTGGCAGTTAAAGGAAATTATCAATAAGATAATCTGCAGATTATTATTGGCGATGGCATGTTTGTGTCTGGCAAACATATCCTGGGCTACTGTTTGTGCAAATAGTACTGGCGTAGCAGAAGATGAACACTATGATCTCAGTAATATCTTTAATAGCACCAATAACCAGCCAGGGCAGATTGTTGTTTTACCGGAAAAATCCGGCTGGGTAGGTGTCAGTGCAATTTGTCCACCCGGTACGCTGGTGAATTATACATACCGTAGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACA > CP042583/462655‑463204 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |