Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 463,013 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 463,013 | 0 | A | T | 99.6% | 611.2 / NA | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 463,014 | 0 | G | C | 100.0% | 611.1 / NA | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (120/135); total (120/135) | |||||||||||
* | CP042583 | 463,015 | 0 | T | A | 99.2% | 611.1 / ‑4.9 | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (119/134); minor base G (1/1); total (120/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
TGTATTGCCGAAGCAAAGCTTACAGCAAGCCGTCACTGTTATTAGCGCAGTTTGCACACATCCTGGCAGTTAAAGGAAATTATCAATAAGATAATCTGCAGATTATTATTGGCGATGGCATGTTTGTGTCTGGCAAACATATCCTGGGCTACTGTTTGTGCAAATAGTACTGGCGTAGCAGAAGATGAACACTATGATCTCAGTAATATCTTTAATAGCACCAATAACCAGCCAGGGCAGATTGTTGTTTTACCGGAAAAATCCGGCTGGGTAGGTGTCAGTGCAATTTGTCCACCCGGTACGCTGGTGAATTATACATACCGTAGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTAGCCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATG > CP042583/462734‑463294 ||| cGAAGCAAAGCTTACAGCAAGCCGTCACTGTTATTTCGGCAGTTTGCACACATCCTGGCTCATAAAGGAAATTATCAATAAGATAATCTGCAGATTATTATTGGCGATGGCATGTTTGTGTCTGGCAAACATATCCTGGGCTACTGTTTGTGCAAATAGTACTGGCGTAGCAGAAGATGAACACTATGATCTCTCAAATATCTTTAATAGCACCAATAACCAGCCAGGGCAGATTGTTGTTTTACCGGAAAAATCCGGCTGGGTAGGTGTCTCAGCAATTTGTcc > 2:372974/1‑285 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |