Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 738,724 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 738,725 | 0 | G | C | 99.4% | 816.1 / ‑2.9 | 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (160/179); minor base T (0/2); total (161/182) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 738,726 | 0 | T | A | 99.1% | 817.6 / ‑2.2 | 343 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (160/177); minor base G (1/2); total (161/182) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 343 total aligned reads displayed.
TTGGTTTGCGCACAGCTTACGCCGACAGCGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGTCAAAAATACAGGGTTTATCTCTTTTGACGGTAAAACCTTCGTCTATTACCTCTATCCGGTAACTCACAATCGTAGTCTGATATTTTTGCTTGGTCTGGAGCGTTTTTCTTTACTGAGTAAAAGCCTGGCGATGGACAGCGAGAACCTGATGTTCTCTCTATTTAAGAACGGTAAACCGGTGACCGGTGATGAATATAATGCTAAAAACGCCATCTTCACCGTTAGCGAAGCGATGGAGCACTTCGCCTATTTGCCGACCGGATTGTATGTATTTGCGTATAAAAAAGATGTTTATTTGCGGGTTTGTACATTGATTATTTTCTTTGCCGCATTGGTGGCAGTGATAAGCGGTGCCAGTTGCCTCTATCTGGTACGCAGAGTGATTAATCGTG > CP042583/738455‑739000 ||| tgggttTGCGCACAGCTTACGCCGACTCGGTTTCCCCCTCTTATTTGTACGATGTCGGTCCTTATCTGATTTCCAGTGACGAATGTATTCAGGTAAAGGAGTTCGAGAAAAATTATTGTGCAGATATTATGCAGGTTGTGAAGTATCGACATGTCAAAAATACATGGTTTATCTCTTTTGACGGTAAAACCTTCGTCTATTACCTCTATCCGGTAACTCACAATCGTAGTCTGATATTTTTGCTTGGTCTGGAGCGTTTTTCTTTACTGTCAAAATCGCTGGCGATGGa < 2:2442371/287‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |