| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 463,217 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 463,217 | 0 | A | T | 99.6% | 667.6 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (158/118); minor base G (0/1); total (158/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 463,218 | 0 | G | C | 98.9% | 650.1 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base C (158/116); total (158/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.81e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 463,219 | 0 | C | G | 99.3% | 652.0 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (157/117); total (158/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
TATCTTTAATAGCACCAATAACCAGCCAGGGCAGATTGTTGTTTTACCGGAAAAATCCGGCTGGGTAGGTGTCAGTGCAATTTGTCCACCCGGTACGCTGGTGAATTATACATACCGTAGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTAGCCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAG‑ATCCCCAGACAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACAAGTACGCCTTACGATCCGTT‑GGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCAAGCTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGTAATCGAC > CP042583/462940‑463499 ||| tatCTTTAATAGAACCAATAACCAGCCAGGGCAGATTGTTGTTTTACCGGAAAAATCCGGCTGGGTAGGTGTCTCAGCAATTTGTCCACCCGGTACGCTGGTGAATTATACATACCGTAGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCtt < 1:1537408/289‑1 (MQ=255) 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tcagCAATTTGTCCACCCGGTACGCTGGTGAATTATACATACCGTAGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGAtt > 1:2151238/4‑235 (MQ=255) tcagCAATTTGTCCACCCGGTACGCTGGTGAATTATACATACCGTAGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGAtt < 2:2151238/232‑1 (MQ=255) tcagCAATTTGTCCACCCGGTACGCTGGTGAATTATACATACCGTAGTTATGTCACCAACTTTATTGTTCAGGAAACTATCGATAATTATAAATATATGCAATTACATGATTATCTATTAGGTGCGATGAGTCTGGTTGATAGTGTGATGGATATTCAGTTCCCCCCGCAAAATTATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGgag‑a > 1:1261651/4‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |