| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 738,955 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 738,955 | 0 | A | T | 99.7% | 681.2 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 738,956 | 0 | G | C | 99.7% | 685.2 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (145/142); total (146/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 738,957 | 0 | C | G | 99.7% | 686.6 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (145/142); total (146/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
CAATCGTAGTCTGATATTTTTGCTTGGTCTGGAGCGTTTTTCTTTACTGAGTAAAAGC‑CTGGCGATGGACAGCGAGAACCTGATGTTCTCTCTATTTAAGAACGGTAAACCGGTGACCGGTGATGAATATAATGCTAAAAACGCCATCTTCACCGTTAGCGAAGCGATGGAGCACTTCGCCTATTTGCCGACCGGATTGTATGTATTTGCGTATAAAAAAGATGTTTATTTGCGGGTTTGTACATTGATTATTTTCTTTGCCGCATTGGTGGCAGTGATAAGCGGTGCCAGTTGCCTCTATCTGGTACGCAGAGTGATTAATCGTGGTATTGTGGAGAAAGAAGCCATCATTAATAACCATTTTGAACGCGTACTGGATGGCGGGCTTTTCTTTAGCGCTGCCGATGTCAAAAAACTCTACAGTATGTATAACAGCGCGTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGAC > CP042583/738675‑739236 ||| aTCGTAGTATGATATTTTTGCTTTGTTTTGAGCGTTTTTCTTTACTGTCAAAATAC‑CGTGCGATGGACGGCTGGAACCCTATATTGTCTCTATCTAAGAGTGGTAACCAGGTGCCAGGTGATGAATGTAATGCTAAAAGCGCCATCTTCTCCGTTTCGGAAGCGATGGCGCACTTCGCCTATTTGCCGGCCGGATTGCATGTAATTGCGTATAATAAAGATGTTTTTTTGCGTGTTTGTACATTGATTATTTTCTTTGCCGCATTGGTGGCAGTGAAATCGGGTGCCAg < 2:1284129/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |