| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 739,108 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 739,108 | 0 | A | T | 100.0% | 508.8 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 739,109 | 0 | G | C | 99.1% | 502.4 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (121/91); minor base A (1/1); total (122/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 739,110 | 0 | C | G | 100.0% | 508.2 / NA | 214 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (122/92); total (122/92) | |||||||||||
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
GAAGCGATGGAGCACTTCGCCTATTTGCCGACCGGATTGTATGTATTTGCGTATAAAAAAGATGTTTATTTGCGGGTTTGTACATTGATTATTTTCTTTGCCGCATTGGTGGCAGTGATAAGCGGTGCCAGTTGCCTCTATCTGGTACGCAGAGTGATTAATCGTGGTATTGTGGAGAAAGAAGCCATCATTAATAACCATTTTGAACGCGTACTGGATGGCGGGCTTTTCTTTAGCGCTGCCGATGTCAAAAAACTCTACAGTATGTATAACAGCGCGTTCCTGGACGACCTGACCAAAGCAATGGGCAGAAAATCCTTTGACGAAGATTTAAAAGCGCTGCCGGAAAAAGGCGGTTATTTGTGCCTGTTTGACGTCGATAAATTCAAAAACATTAACGACACCTTCGGTCATTTGCTGGGCGATGAAGTGTTGATGAAAGTGGTGAAAATCCTTAAAAGTCAGATCCCGGTAGATAAAGGTAAAGTCTACCGCTTCGGCGGTGACGAATTTGCGGTGATTTATACGGGTGGAACGCTGGAAGAGTTGCTAAG > CP042583/738835‑739388 ||| agcgaTGGAGCACTTCGCCTATTTGCCGACCGGATTGTATGTATTTGCGTATAAAAAAGATGTTTATTTGCGGGTTTGTACATTGATTATTTTCTTTGCCGCATTGGTGGCAGTGATATCGGGTGCCAGTTGCCTCTATCTGGTACGCAGAGTGATTAATCGTGGTATTGTGGAGAAAGAAGCCATCATTAATAACCATTTTGAACGCGTACTGGATGGCGGGCTTTTCTTTTCGGCTGCCGATGTCAAAAAACTCTACAGTATGTATAACTCGGCGTTCCTGgacgac < 1:682809/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |