Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 463,466 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 463,466 | 0 | A | T | 99.4% | 846.0 / ‑5.6 | 354 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (184/168); minor base G (1/1); total (185/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 463,467 | 0 | G | C | 99.4% | 845.9 / NA | 354 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (185/167); minor base T (0/2); total (185/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 463,468 | 0 | C | G | 100.0% | 846.3 / NA | 354 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (185/169); total (185/169) |
Only 100 of 354 total aligned reads displayed.
ATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTAGCCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGACAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACAAGTACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCAAGCTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGTAATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGCAAACCAAGAGCATTGCGGTCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAATGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGAGCGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGG > CP042583/463188‑463747 ||| atatTCGGATGGTATAAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGACAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAg < 2:840834/289‑1 (MQ=255) atatTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGACAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAg < 2:2700581/289‑1 (MQ=255) atatTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGACAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAg < 1:207990/289‑1 (MQ=255) ggATGGGAACAGATCCTAACGTTTCGCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGACAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACATCAACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCATCGTTATTTAGTGCGGc < 2:1261651/289‑1 (MQ=255) 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tatCGGCGCAGCGTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGTAATCGACCTGCTGGTGTAAGGCCGCAAACCAAGAGCATTGCGGTCAAAGGTACGAATGGTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAATGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGTCGGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGcc < 1:1101882/289‑1 (MQ=255) ||| ATATTCGGATGGGAACAGATCCTAACGTTAGCCAAAACCTTCCATTCGGGGTGATGGATTCTCGTTTAATATTTCGTTTAAAGGTTATTCGTCCCTTTATTAACATGGTGGAGATCCCCAGACAGGTGATGTTTACCGTGTATGTGACAAGTACGCCTTACGATCCGTTGGTTACACCTGTTTATACCATTAGTTTTGGTGGCCGGGTTGAAGTACCGCAAAACTGCGAATTAAATGCCGGGCAGATTGTTGAATTTGATTTTGGTGATATCGGCGCAAGCTTATTTAGTGCGGCAGGGCCGGGTAATCGACCTGCTGGTGTCATGCCGCAAACCAAGAGCATTGCGGTCAAATGTACGAATGTTGCTGCGCAGGCTTATTTAACAATGCGTCTGGAAGCCAGTGCCGTTTCTGGTCAGGCGATGGTGAGCGACAATCAGGATTTAGGTTTTATTGTCGCCGATCAGAACGATACGCCGATCACGCCTAACGATCTCAATAGCGTTATTCCTTTCCGTCTGGATGCAGCTGCGGCAGCCAATGTCACACTTCGCGCCTGG > CP042583/463188‑463747 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |