Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 746,792 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 746,792 | 0 | A | T | 99.7% | 741.1 / NA | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (141/168); minor base C (1/0); total (143/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 746,793 | 0 | G | C | 99.4% | 733.0 / NA | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (141/168); total (143/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.11e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 746,794 | 0 | C | G | 99.7% | 750.1 / NA | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (142/168); total (143/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
TGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTAGTACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑AGCATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGAGCGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCAGGGCATAAGCCTCTGTTTCATTGGCGCTGTGGGATACGCCGCAATTCAGGAATCCTTCGAAGAGGCGGTTTGTATCAAGAT‑CACCGCGCTGATGGCGAACGTGGCGCTGATTGCTCCGCTACTTGGTCCGCTGGTGGGCGCGGCGTGGATCCATGTGCT > CP042583/746520‑747069 ||| tGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGTTTGGGTTCCTACT‑TCGTTGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGTGGGGGCGGCTGTCGGACTGTTATGGTTGCCGTCCgggtgcgctggc > 1:870/1‑279 (MQ=255) tGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTAt > 1:2366718/1‑265 (MQ=255) tGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGc < 1:1656140/289‑1 (MQ=255) agcgATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGCCGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGGTCTTTACGACTTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTCTCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACGATGGCTGCTGGGGCTGCTGTCGGCTCTTATTGGTCGCTGCCCGTTGCTGC‑TGgggg > 2:2116185/2‑289 (MQ=255) gATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGa < 1:748896/288‑1 (MQ=255) gATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAg < 1:224219/289‑1 (MQ=255) ttattattGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAgtg < 2:503065/289‑1 (MQ=255) ttattattGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAgtg < 2:1312248/289‑1 (MQ=255) ttattGGGTAAGAAATTTCATGAAAAATGAATTAGCTTCCGTTGCCAGGCTGGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCGGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGGATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACG‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAgtggtg < 2:2392319/289‑1 (MQ=255) ttattGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAgtggtg > 1:209685/1‑289 (MQ=255) 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atgcaAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTc < 1:598071/289‑1 (MQ=255) cTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCg < 1:1032108/226‑1 (MQ=255) cTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCg > 2:1032108/1‑226 (MQ=255) cTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTgg > 1:2333274/1‑288 (MQ=255) ccGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCa < 1:26886/289‑1 (MQ=255) cTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTg < 2:2733966/286‑1 (MQ=255) cTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTGaa < 1:392122/288‑1 (MQ=255) atttgACTTCAGGCGTTACTTTTCCCGATCTGTCTGGTGCTTTCCGAATTTTCACCCTATCTCGGCAATGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTGaa < 2:2047548/284‑1 (MQ=255) ggACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGGGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTGAACAAt > 1:1725631/1‑289 (MQ=255) 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ctctctGTCTGGTTCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCa < 1:2492052/289‑1 (MQ=255) ctctctGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCa < 1:1335295/289‑1 (MQ=255) tgtttgGTGATTTGCGAATTTTCACCCTTTATCGGCAACGATATGATTCAACCGGGTATGTTGGCCGTGTGGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCAGGGCa < 2:2462502/289‑1 (MQ=255) tctgGTGCTTTACGATTTTTCACCCTATACAGGCAACGTTATGATTCAACCCGTGATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCAGGGCATa < 2:927676/289‑1 (MQ=255) tctgGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCAGGGCATa < 1:2440182/289‑1 (MQ=255) ctgGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGCTGGCGCAAAACATTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCAGGGCATa < 1:97361/288‑1 (MQ=255) tACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGc > 2:1785949/1‑188 (MQ=255) ttcaaCCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTGc > 1:701297/5‑221 (MQ=255) aCCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACT‑TCGATGACCGCGTATCTGGCGGGCGGGATGTTTTTACAATGGCTGCTGGGGCCGCTGTCGGATCGTATTGGTCGCCGTCCGGTGATGC‑TGGCGGGAGTGGTGTGGTTTATCGTCACCTGTCTGGCAATATTTCTGGCGCAAAACATTGAACAATTCACCCTGTTGCGCTTCTTGCAGGGCATAAGCCTCTGTTTCATTGgc > 1:1520773/1‑285 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |