Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 747,422 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 747,422 | 0 | A | T | 99.2% | 619.9 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (108/154); minor base C (2/0); total (110/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 747,423 | 0 | G | C | 98.9% | 604.0 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base C (107/153); total (110/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 747,424 | 0 | C | G | 98.1% | 608.8 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/0); new base G (105/154); total (110/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
GCCTGAAACCGCCACGCGTATAGGCGAGAAACTGAGTCTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGAGCCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCAGCCGCCGCACCGTAC‑GTAGCCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGG‑TTA‑TC‑AGTAGC‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGA > CP042583/747142‑747700 ||| gcgTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTgg < 1:496708/289‑1 (MQ=255) gcgTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTgg < 1:897703/289‑1 (MQ=255) gCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTgg < 1:219933/281‑1 (MQ=255) agaaaatgtcacTGAAGGGACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTGTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGa < 2:1781766/277‑1 (MQ=255) agaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAt > 1:544795/1‑289 (MQ=255) agaAACTGTAACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCGTGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGa < 1:1933134/288‑1 (MQ=255) gaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAt < 2:1068117/288‑1 (MQ=255) gaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAt < 1:1419290/288‑1 (MQ=255) aactgtcacTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGAGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAtt < 1:1493289/279‑1 (MQ=255) gtcacTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCCGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTATCGCGTTTGACCTCGCGCCGCACCGTACGGTCGCTTG‑CTATTATGGGGGGCTGGCGCGTTCTGATTggacct > 2:496747/5‑285 (MQ=255) cttGACTATAAGCTGGTGCTGAAGACCGGCCGCTTTGTGGCGGGGGAGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCa < 2:636588/286‑1 (MQ=255) cTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTgg < 1:845860/247‑1 (MQ=255) agaaGCTGGTGGTGAGGGAGGGCCGCTTTGTGGGGGGGGTGCTGGGGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGG‑TTA‑t < 2:1477553/287‑1 (MQ=255) gTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATTGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCCACGG‑TTA‑Tctcatcgc > 1:629772/1‑282 (MQ=255) tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGGTCGCCCCGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTTCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTTACTTGCTGTTAGCGCGTCTGGCCTCGCGCCGCACCGTAC‑GGTCCCTGTTTATTATGGGCGGCTGGCCGATTTTGATTGGTCTATTTGGCGCTGCTGCGGGTACGG‑GTA‑Tctcctcgc > 2:2232516/1‑281 (MQ=255) tGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGAAGCGTTGAATATGGCTTGCTGCCAGTGCCCATTTTCGGGGCGGTAATTGCGGGTAACTTTCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGAGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTTGCCGATTATGAGTGGTCTATTGTGGGCTGCGTCGGCACCGG‑Ttc‑tcccagcgc > 2:351923/1‑281 (MQ=255) gaagagCGGCCGCTTGGTGGCGGGGGCGCTGGGGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTGGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGG‑TTA‑Tctcatcgcacgc < 2:1423005/288‑12 (MQ=255) cGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCgg < 2:1247672/260‑1 (MQ=255) gttggtgGCGGGGGGCATTGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCTGGTGCTGGCGGGGCACGCCCCGTCGCCGATTAGCGTCAGTACCGGCGAGCAGTTGGGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGAGCGTCTGACCGCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGG‑TTA‑TC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGAt < 2:1152186/284‑1 (MQ=255) ggCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGG‑TTA‑TC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGc < 1:2311980/288‑1 (MQ=255) gCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGG‑TTA‑TC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGcc < 1:2203085/288‑1 (MQ=255) ggcgcggtcgctGGGATTCGTTAGGCTGCCTTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGACGCGGATTATCATCATTACCGGCGGGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGG‑TTA‑TC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGtt < 1:992458/288‑1 (MQ=255) gcgctggcgctgGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGG‑TTA‑TC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTa < 1:1741521/288‑1 (MQ=255) gctggcgctggGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGG‑TTA‑TC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAg < 1:120355/288‑1 (MQ=255) tCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGG‑TTA‑TC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGc < 2:1382996/258‑1 (MQ=255) 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cGTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGG‑TTA‑TC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCggg > 1:2120623/1‑289 (MQ=255) gTGGATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGG‑TTA‑TC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGa < 1:1406492/289‑1 (MQ=255) gATCGCCCAGTCGCCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTAC‑GTTCGCTGATTATTATGGGCGGCGGGCCGATTATGATTTGTCTATTGGTCGCTGCCTCGGCAACGG‑TTA‑Tctcatcgcac > 2:2454067/1‑211 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |