| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 752,573 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 752,573 | 0 | G | C | 99.7% | 733.5 / NA | 314 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (149/162); total (150/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 752,574 | 0 | C | G | 99.7% | 737.7 / NA | 314 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (150/163); minor base A (0/1); total (150/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 752,575 | 0 | T | A | 100.0% | 748.5 / NA | 314 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (150/164); total (150/164) | |||||||||||
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
TCGCCAGCACCGACCAGAACCGGTGTGCTCGTCATAGAGCCTGCTAACATACCGGCCGTCAGGCCAATATCCCAGCCAAACAGCTTACCTAACCCTAAGGCGATCACCAG‑CGCACTGCCAACCATCACCAGTGCTAACATTAGGTAATTTTTCCCATCGCG‑AAAAAAAATGGAAAAAAAGTTCGGTCCGGCTTCGACCCCGACGCAGAAAATAAACAGCATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTAATAACAGGCTTACGACTAAAACGCCAATGGAATTACCCAGTTGGATGCTACCAAGTCGTAACTTTCCGAGACATAGCCCAAGCGCGAGGACCACAAATAATAACAGAATGTAATTCCCATTTAACAATTCGGCGACGTTTATATTCACGGAGGCTAACTTCTTGTTTACTAGTAAGCTGTTGAAAGAAATGGTAATTTACGATAATGTTTTTTACCAGAATTCAGGGCGCAGATTCATTCAGCGCACCTAAACGATAGTAAAGTAACAATATATTTTACTAGTGTAAT > CP042583/752295‑752853 ||| tCGCCAGCACCGACCAGAACCGGTGTCGACGTCATAGAGCCTGCTAACATACCGGCCGTCAGGCCAATATCCCAGCCAAACAGCTTACCTAACCCTAAGGCGATCACCAG‑CGCACTGCCAACCATCACCAGTGCTAACATTAGGTAATTTTTCCCATCGCG‑AAAAAAAATGGAAAAAAAGTTCGGTCCGGCTTCGACCCCGACGCAGAAAATAAACAGCATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTAATAACAGCGATACGACTa > 1:1543989/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |