Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 465,683 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 465,683 | 0 | G | C | 99.5% | 878.0 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (169/197); minor base A (2/0); total (171/197) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 465,684 | 0 | C | G | 99.7% | 869.7 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (170/197); total (171/197) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 465,685 | 0 | T | A | 99.7% | 873.8 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (171/196); total (171/197) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 368 total aligned reads displayed.
CTCTGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTAGCTCGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAATCTGGCTATAGCTGGTATTTTCGTTTTTTAATTTCTTTTTGAGCAGGCTGGGGCTTAAACATAGGCTACTGGCGACAATTCGCAGATTCCAGTAATGCTGAATATCGCTTTGAATAATGCGGCAGACGCTGTCGCGGACGCTGCTGCGTAAGATATACATCAGTAGGGCAATAAACCG > CP042583/465408‑465961 ||| ctgtaacatacttAGGGTCAAGGAGAACAGACCTACGACCCATTTCTTTGGAGTCCCTTCCGCCCCTTTCCCGGAGCCCCGATCATGGGGCGCCGGACTGAATCAGCCCGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGGTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAg < 2:1517818/278‑1 (MQ=255) ctGTCAAATGATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCGACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAg < 1:1902471/289‑1 (MQ=255) gATTAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAAt < 2:1974493/289‑1 (MQ=255) ttAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTCCCCTCCACCCCTTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTAAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGCTTCCGAGGTTATGAAAACGGACATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCAGGTTCCGCTTTCCCCTTCACCACACCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGAGACTCCACGTGTGTCAGGCCGTCAAAGCCCTTTACACCTGACATAAATTACCACGAtctgcttatgcccactcatg > 2:2730123/1‑274 (MQ=255) ttAGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAAtt > 1:1282476/1‑288 (MQ=255) aGGCGCAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTgc > 2:1398233/1‑288 (MQ=255) gcAAGGTGAGCATACCTACGAACCATTTCTATGGACGCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCAc < 1:615634/289‑1 (MQ=255) 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cTACGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATAttttt > 2:1321461/1‑289 (MQ=255) aCGAACCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAAAGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGt < 1:289829/289‑1 (MQ=255) aaCCCTTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCCCCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTAt < 1:1271740/289‑1 (MQ=255) aaCCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAATACAGAGATAAAGTACGACGTGATGCTATAGCCACATAATTTGCCCACATGAGTCAATGTTTTGTTAt > 2:1123337/1‑289 (MQ=255) aaCCAATTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTACTGCCATAGCCACCTAATTGCGCCACTTGAGTGATATTTTTGTTa > 2:1629928/1‑288 (MQ=255) aCCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTAt < 1:1007277/288‑1 (MQ=255) aCCATTTCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTAt < 1:2448857/288‑1 (MQ=255) tttCTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATc > 1:499428/1‑289 (MQ=255) ctctGGACCCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGGCCTAATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAAt < 2:1460666/286‑1 (MQ=255) cTATGGACTCCCATCCGCCCATTTCCGGAAGCCCTGGTAATGGAACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAAt < 1:1362268/289‑1 (MQ=255) cTATGGAATCCCATCCGCCCATTTCCTGAGGCACTGATAATGGGGCGCCTGACTGAGTCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCCTGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAAt < 2:2536393/289‑1 (MQ=255) tGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCTCCACCTGAGTGATATTTTGTTTATCCATCAATAAc > 1:1699849/1‑289 (MQ=255) tGGACTCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAAc > 2:72534/1‑289 (MQ=255) tCCCATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCTAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGCAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGTCGAGATAATTCATCGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTATATACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTTCGACACCTGAGTGTAATTTTTGTTATCCATCAATAAAATccg > 2:2170531/1‑287 (MQ=255) ccATCCGCCCATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTa < 1:1321461/289‑1 (MQ=255) cccATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTTAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTa < 1:2666436/289‑1 (MQ=255) cccATTTCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTa < 1:2496381/289‑1 (MQ=255) ttCCTGAAGCACTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAg > 1:2412133/1‑244 (MQ=255) 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aCTGATAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACAt > 1:117357/1‑262 (MQ=255) aTAATGGGACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAAt < 1:2328465/253‑1 (MQ=255) gggACGCCTGACTGAATCAGCCAGCTTGCCCAGGTGTGTCTGAGGTCATGGAAACGGAAATCTTCCTCATTTATGCCCGTCTTATCCGTTTCCGCTTTGCCCTTCACCACATCACTTTTTGTCGCTGTTTGGCGAGATAATTCAACGGTGTCAGGCCGTAAAACGCCTTAAAAACAGAGATAAAGTACGACGTGCTGCTATAGCCACATAATTGCGCCACCTGAGTGATATTTTTGTTATCCATCAATAACATCTGTACGGCGTAACGCATACGACACTCTGTGACAAt < 2:1494911/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |