Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 759,889 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 759,889 | 0 | A | T | 98.8% | 752.1 / NA | 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); major base T (156/162); minor base C (4/0); total (163/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 759,890 | 0 | G | C | 98.1% | 730.6 / NA | 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/2); new base C (158/157); total (163/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 759,891 | 0 | C | G | 99.4% | 761.3 / NA | 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (159/162); total (163/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
ACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGAT‑TATAGCCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGAAGCATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCAGCGCGGTAGCGATCATCATGTTGCTGCTGCTAATTGTGCCGATAATGTGGTTCCACAAACACCAGCAAAAAAGCGTGGGAGAACACGGATGAATAATTTACCGGTAGTTCGTAGCCCCTGGCGGATTGTGATTTTGCTGCTGGGCTTTACCTTTCTCTACGCGCCAATGCTGATGCTGGTTATCTATAGCTTTAACAGCAGCAAGCTGGTGACGGTGTGGGCCGGCTGGAGTACGCGCTGGTATGGTGAGTTATTGCGCGATGACGCGATGATGAGTGCG > CP042583/759611‑760169 ||| aCGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGAT‑TATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGc < 1:1482118/289‑1 (MQ=255) cGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGAT‑TATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCg > 1:1627937/1‑289 (MQ=255) cGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGAT‑TATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCg > 1:2041844/1‑289 (MQ=255) ccGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGAT‑TATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGatca < 2:129725/289‑1 (MQ=255) tATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGAT‑TATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATg > 1:1666321/1‑289 (MQ=255) agggtgccgCCGTTTTATAGCGCGTTGTTTCGTTTTGATGTGTCG‑CTGGTGGCGGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGTTCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTCTCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGt < 2:1526942/281‑1 (MQ=255) ggTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGAT‑TATTCGCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTGACTAAAGGTGGGATTATTGCCGGATCGATGCTGGTGTTTATCCCGGCTGTGGGCGAGTTTGTGATCCCGGAACTGCTCGGTGGCCCGGACAGCATCATGATCGGGCGCGTGCTATGGCAAGAGTTTTTCAATAACCGCGACTGGCCGGTGGCCTCGGCGGTAGCGATCATCATGTtg < 1:731457/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |