Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 761,339 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 761,339 | 0 | A | T | 99.1% | 824.4 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (164/181); minor base C (1/2); total (167/184) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 761,340 | 0 | G | C | 99.4% | 822.2 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (164/183); minor base T (2/0); total (167/184) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 761,341 | 0 | C | G | 99.4% | 823.7 / NA | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (166/182); minor base T (0/2); total (167/184) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 351 total aligned reads displayed.
ACCTGGAGTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTAGTCTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTAGCCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAAAGTAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCAGCACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGAGTGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGC‑CAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAA > CP042583/761066‑761617 ||| gTTTAACGCTTGTCTTTTTAATGAGGTGGGTGCTGGTTTTCAGTAGGTTGTGGTGTGCTTTTTCGCTGGTGGACGGGCGTCGATGTGCGGGCTGGCTCTACCGGCCGACCCAAGTCTCCGCCGCAAGCTACTGGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATGCGGAGCTCTGCAGCATTCCCTGTGAATCAAAACGTGAAATCCTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGGTCATCCGGATGCTGTTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTcc < 2:1443812/288‑1 (MQ=255) gTTTAACGCTGGTCTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTcc < 1:1487605/288‑1 (MQ=255) gCTGGTGTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTGCATTGGGGTCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCCCCGCCGAAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCaa < 2:1703314/289‑1 (MQ=255) tGGTTTTTTTAAGCAGTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCaata < 1:2180869/289‑1 (MQ=255) 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agtcggtgtcgtggtttCGTTGAGGTCTGATGTGTGGTTGCACTGTGGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCAGATGACACCAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGAGCGGCGTCGCTGGGGTACGGGTATCCGGAGCTTTTCAGCATTCACGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCGGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAAtcgt < 2:2425313/275‑1 (MQ=255) gTCTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAAtcgtc > 2:541779/1‑289 (MQ=255) cTGGTGCTGTTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTTGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGTAGCTGTTCAGCATTCCCGTTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCGGCTGTTCGTTCCCTCGACCATTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAAtcgt < 1:104472/286‑1 (MQ=255) cTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTcc > 1:221673/1‑262 (MQ=255) cTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAAtcgt < 1:817097/286‑1 (MQ=255) cTGGTGCTGGTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGc < 1:1743587/289‑1 (MQ=255) gTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGACTCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCtgatga > 2:108651/1‑289 (MQ=255) gTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTcc < 2:611689/253‑1 (MQ=255) gTTTTCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCtgatga > 1:1095043/1‑289 (MQ=255) tCATTGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGAtgtg < 1:40487/289‑1 (MQ=255) tGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAgg < 2:2516890/289‑1 (MQ=255) tGAGATCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAgg < 1:2039091/289‑1 (MQ=255) 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gaTCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTc < 1:920262/288‑1 (MQ=255) gaTCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTc < 1:2409890/288‑1 (MQ=255) gaTCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTc < 1:1326054/288‑1 (MQ=255) gaTCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTc < 2:1224849/288‑1 (MQ=255) aTCTGGTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAAGCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTCCCGGATATGCTCATCCTCATGCTCCTGTTCGTTCCCCCGACCAGTCGCCGGTTCTTCCAGTGGCAATACGTTGTATAACCCTCGCCCCTGATGATGTGagcgtcca > 2:1767111/1‑282 (MQ=255) ggTGTGCGTTTTCACTGGTGAAAGGGCGTCGCTGGGCGCGCTGGCTATATCTGCTGACACAAATCACCGCCGCAAGTTACTTGTGGGCGGCTTCGCTGGGGTACGGTTATCCGGAGCTGTTCAGCATTCCCGGTGAATCAAAACGTGAAATCTTCCATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTa > 1:1160243/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |