| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 767,035 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 767,035 | 0 | G | C | 99.7% | 721.3 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 767,036 | 0 | C | G | 100.0% | 722.3 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (154/152); total (154/152) | |||||||||||
| * | CP042583 | 767,037 | 0 | T | A | 99.0% | 714.3 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (153/148); minor base C (1/2); total (154/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
AATAACGGGGGCGGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTGCTTGCACTGGCAACGTGGGCGCTATCTGGCAAGGTGGTTCGACTGGAGAATGGATCGTTGGTCAGTAGTTCCCGATGGTTATTATCCCGGGAGGCATCGCTAAGCAGTGTCGCCAGTTTGTCGCTCAGATAAGGGCGCAAGGCGGTGATGTCGTTGCTGCGGTGCAAAATGCGGTAGTCATAAAATTGCTGGGCCACGTTATCCGGGCCTCCTTCAACGCAAGGACCACTGCGTGTGCCGTTATCTTTATAAGCTGGAGTGACTGTGGTGCAGGCACTGA > CP042583/766756‑767315 ||| aaTAACGGGGGCGGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTg > 1:1342840/1‑289 (MQ=255) cGGGGGCGGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCGGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAAc > 1:1058460/1‑289 (MQ=255) ggggCGGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAGATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGATTAGGGATAGTCGATGCACTGGCAACg < 1:2729882/288‑1 (MQ=255) ggCGGTGGTCGGCGAGCATAAATGTCGGCATTCCTCACGAAATGCCGGACAATTTACGGGGTTTATTGGTTGATCAAGGCGTTAGCGATTCTCGATGGACTGACGGAGCGTACCCGCCGTGGCATGAACGCTACCGCCTAAGTAACGCACATCGTCGATGACCCAACACTGGCCTTCCTGAATCATTAACACTTCATCCTGCCAACCCTGGTCACCCTGTTTGAAATCCACGCGCAATGGAATGTTACGGGCATCACGAGTACGGCTAGTCGATGCACTGGCAACgggt > 2:1776586/1‑286 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |