| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 775,764 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 775,765 | 0 | C | G | 100.0% | 730.7 / NA | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (168/143); total (168/143) | |||||||||||
| * | CP042583 | 775,766 | 0 | T | A | 99.7% | 734.8 / NA | 311 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (166/142); total (168/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
TGCGCCGTCACAGCCACCAAGCAGGAAGATATGACGCAGTTTTTCACGGCTCACCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTGCTGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTCCACTTGCTGATTCTGCCAGCCGCTGCCGTAGTTACCGACCAGATGCTTGAATTTACGCAGCTCCGGGTAGCCATGCGCAGGCAGCATTTCGCCGTGGGTGTAGACATTAACGCCCGTGCCTTCGGTCTGTTCCAGCAGGTTGTAGAGATCTTTGAGATCGTGACCGGAAATCAGAATGCATTTACCCGCCGTCGCTTTGACGTTGACCTGGGTTGGCGTCGGGTGACCGTATTTACCGG > CP042583/775485‑776041 ||| tGCGCCGTCACAGCCACCAAGCAGGAAGATATGACGCAGTTTTTCACGGCTCACCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCACTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGtcatc > 1:715068/1‑289 (MQ=255) gTCACAGCCACCAAGCAGGAAGATATGACGCAGTTTTTCACGGCTCACCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGTGTGGGGCGATGATGCAGGTCGAGGTCATCACGATg > 2:1722894/1‑289 (MQ=255) ccaccaAGCAGGAAGATATGACGCAGTTTTTCACGGCTCACCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAg > 1:303923/1‑289 (MQ=255) accaAGCAGGAAGATATGACGCAGTTTTTCACGGCTCACCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAggg > 1:2104001/1‑289 (MQ=255) atGACGCAGTTTTTCACGGCTCACCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTAAGCAAGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTc > 2:667982/1‑288 (MQ=255) cGCAGTTTTTCACGGCTCACCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTc > 2:1518856/1‑284 (MQ=255) tCACGAGATCAAGCAGCGTATCAGCAGGGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTCCACTTGCTGATTCTGCCAGc < 2:775750/288‑1 (MQ=255) 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gTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGCCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGACGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTCCACTTGCTGATTCTGCCAGCCGCTGCCGTAGTTACCg > 1:2411110/1‑288 (MQ=255) gcgcCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGCTGATGCAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGCGCTAACTCCACTTGCTGATTCGGCCAGCCGCTGCCGTAGGTACCCACCAGATGCt > 2:1269524/1‑289 (MQ=255) gcCAAGCCGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATGGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTCCACTTGCTGATTCTGCCAGCCGCTGCCGTAGTTACCGACCAGATGCt < 1:2723344/287‑1 (MQ=255) 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TGCGCCGTCACAGCCACCAAGCAGGAAGATATGACGCAGTTTTTCACGGCTCACCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTGCTGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTCCACTTGCTGATTCTGCCAGCCGCTGCCGTAGTTACCGACCAGATGCTTGAATTTACGCAGCTCCGGGTAGCCATGCGCAGGCAGCATTTCGCCGTGGGTGTAGACATTAACGCCCGTGCCTTCGGTCTGTTCCAGCAGGTTGTAGAGATCTTTGAGATCGTGACCGGAAATCAGAATGCATTTACCCGCCGTCGCTTTGACGTTGACCTGGGTTGGCGTCGGGTGACCGTATTTACCGG > CP042583/775485‑776041 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |