Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 779,418 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 779,418 | 0 | A | T | 100.0% | 620.5 / NA | 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 779,419 | 0 | G | C | 99.6% | 613.4 / NA | 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (125/134); minor base T (1/0); total (126/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 779,420 | 0 | C | G | 99.6% | 613.5 / NA | 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (125/133); total (126/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
GCACGCAAAAGATTTAATCCTTTAGGCGTAATAAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTATCAGCAAGAGGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATA‑TTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGTATCAACCGTTTGAGCTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTGGACGCCTTAACTCTGCTGCTAAGCCCAGAAAGTGATCTCTACCATTTTGAGCGCGACGATTTCTGGTTCCCGCCGGGAGATATCAACGGGCGAGAACATCATCTGCATATTATTTTGACCTTCCGCGAAAGCCTGCCAGGCCGACATCGGGTTCGCCGTTATCGGCCGCTGGAAGCGTGCTGGACGCCATGCACCGATGGCTATCACCGT > CP042583/779141‑779693 ||| gCACGCAAAAGATTTAATCCTTTAGGCGTAATAAAAAATAATTTATCATGCTAATTATTTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTATCAGCAAGAGGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATA‑TTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGTATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTg < 1:2720477/289‑1 (MQ=255) 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attTGATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTATCAGCAAGAGGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATA‑TTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGGAATTGTGGGTTTTCGCGGTATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTGGa < 2:1379214/289‑1 (MQ=255) tagATTTTGTTGTTTTTGCAGACTTATCAGCAAGAGGGAGTATAACGCGATTATTCGATCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGTCCTTTCCCGTTATACTGCGAGCGTACAGGATAAGTCACATA‑TTTCTGGACGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGTATCAACCTTTTTTTGTTGATGCGGGAACAAAAGAACGTCATGATGGGGGAGAACGCGTGGGGTAAACACAGCTTGCTTGAc > 2:55664/3‑288 (MQ=255) ttgttgTTTTTGCAGACTTATCAGCAAGAGGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATA‑TTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGTATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTGGACGCCTTaa < 1:1275351/289‑1 (MQ=255) 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aaGAGGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGCAAAGGATAAGTCACATA‑TTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGTATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGt > 2:1145460/1‑234 (MQ=255) gagGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATA‑TTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGTATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTgg > 1:950808/1‑253 (MQ=255) gagGGAGTATAACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATA‑TTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGTATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTgg < 2:950808/253‑1 (MQ=255) tataACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATA‑TTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGTATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTGGACGCCTTAACTCTGCTGCTATCGCCAGAATCAGATCTCTACCa > 1:548711/1‑289 (MQ=255) tataACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATA‑TTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGTATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTGGACGCCTTAACTCTGCTGCTATCGCCAGAATCAGATCTCTACCa > 2:2597667/1‑289 (MQ=255) tataACGCGATTATTCGCTCATTTTTCAGACATTTGCCATGCTTAAATGTGATGTCATCACGTATTAGCAAGGCCTTTCCCGTTATACTGCCAGCGTAAAGGATAAGTCACATA‑TTTCTGGAGGGGATATGATTCTTGAGCGCGTTGAAATTGTGGGTTTTCGCGGTATCAACCGTTTGTCGTTGATGCTGGAACAAAACAACGTCCTGATTGGGGAGAACGCGTGGGGTAAATCCAGCTTGCTGGACGCCTTAACTCTGCTGCTATCGCCAGAATCAGATCTCTACCa > 2:1877004/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |