Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 780,486 | 6 bp→TCATCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 780,486 | 0 | A | T | 97.4% | 812.8 / 1.7 | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (171/169); minor base C (7/2); total (179/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 780,487 | 0 | G | C | 98.0% | 801.3 / ‑0.8 | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); major base C (170/169); minor base A (6/1); total (179/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 780,488 | 0 | T | A | 97.1% | 785.6 / ‑2.0 | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/3); new base A (170/169); total (179/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.37e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 780,489 | 0 | A | T | 98.3% | 803.9 / 0.8 | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/1); major base T (170/170); minor base C (5/1); total (179/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 780,490 | 0 | G | C | 97.1% | 779.0 / ‑1.8 | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/2); new base C (169/169); total (179/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 780,491 | 0 | C | G | 97.7% | 796.1 / ‑5.2 | 351 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/2); new base G (168/169); total (179/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 351 total aligned reads displayed.
AAGACGCCCGTCCATTGTTGCTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTAGTGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACAGCGGTGAGTTGCTTAGCTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCAGCCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑AGTAGCCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCA‑TTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTGAATAACGATCGGGAAGCCGAACGAGAACAT > CP042583/780217‑780758 |||||| cccGTCCATTGTTGCTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCGTCATCGCCTG‑TCGCACGCtgctggtt > 2:594956/1‑289 (MQ=255) cccGTCCATTGTTGCTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCGCTGTTTGCACGCtgctggtt > 2:105236/1‑289 (MQ=255) cccGTCCATTGTTGCTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCGCTGTTTGCACGCtgctggtt > 2:1324166/1‑289 (MQ=255) cccGTCCATTGTTGCTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCGCTGTTTGCACGCtgctggtt > 1:1558872/1‑289 (MQ=255) 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tCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGggaaacg < 1:1961217/283‑1 (MQ=255) aaaCCTGTTTACACCCCATTATGCTGTCAGTTGCCTGGAATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGTGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGt < 1:2267706/289‑1 (MQ=255) gTTTACACCCCATTATGCTTTCAGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCaa > 1:2630515/1‑289 (MQ=255) 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gAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCA‑TTTTGATGCCGaa < 2:1196013/289‑1 (MQ=255) gAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCA‑TTTTGATGCCGaa < 1:1367729/289‑1 (MQ=255) tcttctGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACTCGGGTGAGTTGCTTTCGTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCTCGCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑TCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTg < 1:414351/253‑1 (MQ=255) 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ttttAACCGTCCG‑TCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCA‑TTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAAt < 1:1075725/180‑1 (MQ=255) ttttAACCGTCCG‑TCATCGCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCA‑TTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGc < 2:1961065/194‑1 (MQ=255) |||||| AAGACGCCCGTCCATTGTTGCTGATCGAAGATCCAGAAACCCGTTTACACCCCATTATGCTTAGTGTTGCCTGGCATCTGTTGAATCTTCTGCCATTGCAGCGCATTGCCACCACCAACAGCGGTGAGTTGCTTAGCTTAACGCCGGTAGAGCATGTTTGCCGACTGGTACGTGAGTCCAGCCGCGTTGCCGCCTGGCGTCTGGGGCCGAGTGGCTTGAGTACCGAAGATAGCCGACGCATATCCTTTCACATTCGTTTTAACCGTCCG‑AGTAGCCTGTTTGCACGCTGCTGGTTGCTGGTGGAAGGGGAAACGGAAACCTGGGTTATCAATGAACTGGCGCGTCAGTGCGGACATCA‑TTTTGATGCCGAAGGGATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTGTTGAATAACGATCGGGAAGCCGAACGAGAACAT > CP042583/780217‑780758 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |