| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 784,093 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 784,093 | 0 | A | T | 98.2% | 625.2 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (116/149); minor base G (3/2); total (119/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 784,094 | 0 | G | C | 99.3% | 620.6 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (118/149); total (119/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 784,095 | 0 | C | G | 99.6% | 641.1 / ‑5.0 | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (118/151); minor base . (1/0); total (119/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
GGGCATACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGAGCGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATCAGCAGGCGCTGAAGTACGACGACTTAATCGCCATCCAAAAACAACCGTGGGTCGCCAGTGCCACACCTGCCGTCAGCCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAACAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCGTGAGCGGCGATTATTTTA > CP042583/783820‑784372 ||| ggCATACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTg < 1:2391739/288‑1 (MQ=255) cATACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGGTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTc < 1:1597830/288‑1 (MQ=255) tACGGGGATGATCGTCACCCACGGTCGGCAGGTGGCTGCTCAGGCCGGGCGGGTGATGGGAATTGGCGACGGGGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCgtg < 2:2577938/289‑1 (MQ=255) aCGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCgtgg > 1:2015687/1‑289 (MQ=255) tGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTggtggg > 1:1045538/1‑289 (MQ=255) tGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTAGTATCGGTATTGCCTCGGTGGTTTTCATTGTCgtgggtgt > 2:463840/1‑285 (MQ=255) aTTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGCGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGTATAAAATGCGTACTTTACTGAACATGCTGGGGATTATTATCGGTAGTGCGTCGGTGGTTTCCCTTGTCTTggtggggg > 2:408141/1‑287 (MQ=255) 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gCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGtt > 1:208438/1‑289 (MQ=255) gCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTCGCCGCGAATAAAATGCGTACTTTCCTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTCGTTCCCATTTTCGTGGTAGGTGACGCCCCCCCACCAATGGTGCTGGCggcctttcgc > 2:2177177/1‑280 (MQ=255) gAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTGTCGTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTa > 1:2117984/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |