| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 790,950 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 790,950 | 0 | A | T | 98.8% | 786.5 / ‑2.2 | 331 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 790,951 | 0 | C | G | 99.4% | 780.5 / ‑3.5 | 331 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (172/157); minor base A (1/1); total (173/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 790,952 | 0 | T | A | 99.4% | 773.4 / NA | 331 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (171/155); total (173/158) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
GGCGTCCGCCTTCACCTAACCAACTGTTGAGACCTGCATCCTCGAGCAGCTTTTCCAGGCCAACGCGACGCAAGATCTCGCTCAGAGCCTCATCACTACTGCCAGGGCTGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTACTTTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCGCTATATGTTCCCCGGCGTTTACCTGAAGAGAAATCCCTTTAAGTGCCTGTTGAGATTGCTCCGGATAAGTGAACTGAACATCCCGTAACGTCAGGCTAACGCGATCGGCAACACGAGTTTGGGTATCAGGAAAGGTGACCTCCGGTTTTTGATCCGTTAAGTCAGAGATACGTACGGCAGAGGCAATGACTTGCCCCAGATGCTGAAATGCACCCGTTACTGGTGCCAGTGCTTCAAACGCGGCTAACGC > CP042583/790670‑791231 ||| ggCGTCCGCCTTCACCTAACCAACTGTTGAGACCTGCATCCTCGAGCAGCTTTTCCAGGCCAACGCGACGCAAGATCTCCGACAGAGCCTCATCACTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCCAGTGGGCGATCGTTAAGCAAAACCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTTACAGTGTTGATTTGcc > 2:804592/1‑289 (MQ=255) ccatcaacgaaCCAACTGTTGAGACCTGCATCCTCGAGCAGCTTTTCCAGGCCAACGCGACGCAAGATCTCCGACAGAGCCTCATCACTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCgg < 2:554632/280‑1 (MQ=255) ccAACTGTTGAGACCTGCATCCTCGAGCAGCTTTTCCAGGCCAACGCGACGCAAGATCTCCGACAGAGCCTCATCACTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCgaga < 1:2333515/289‑1 (MQ=255) cAACTGTTGAGACCTGCATCCTCGAGCAGCTTTTCCAGGCCAACGCGACGCAAGATCTCCGACAGAGCCTCATCACTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGaa < 1:1600873/289‑1 (MQ=255) cAACGGTTGAGACCTGCATCCTCGAGCAGCTTTTCCAGGCCAACGCGACGCAAGATCTCCGACAGAGCCTCATCACTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGaa < 1:2019048/289‑1 (MQ=255) aCTGTTGAGCCCTGCCGCCTGGAGCAGCTTTACCAGGCCACAGCAACGCAACATCTCCGACAGAGCCTCGTCACTACTGCCAGGCGAGGCGCGTAAAAGATTAGCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGCGGCCCTCGCTGAGGAACACCGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATc < 2:2237587/289‑1 (MQ=255) agaCCTGCATCCTCGAGCAGCTTTTCCAGGCCAACGCGACGCAAGATCTCCGACAGAGCCTCATCACTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCGCTatat > 1:1422994/1‑289 (MQ=255) ccTGCATCCTCGAGCAGCTTTTCCAGGCCAACGCGACGCAAGATCTCCGACAGAGCCTCATCACTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCGCTATATg < 1:967481/287‑1 (MQ=255) ccTGCATCCTCGAGCAGCTTTTCCAGGCCAACGCGACGCAAGATCTCCGACAGAGCCTCATCACTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCGCTATATg < 1:163520/287‑1 (MQ=255) cATCCTCGAGCAGCTTTTCCAGGCCAACGCGACGCAAGATCTCCGACAGAGCCTCATCACTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCT‑‑‑GAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCGCTATATGTTCCCCGGc > 1:121437/1‑289 (MQ=255) 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ccAACGCGACGCAAGATCTCCGACAGAGCCTCATCACTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCGCTATATGTTCCCCGGCGTTTACCTGAAGAGAAATc > 1:1930896/1‑288 (MQ=255) cAACGCGACGCAAGATCTCCGAAAGAGCCTCATCACTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCGCTATATGTTCCCCGGCGTTTACCTGAAGAGAAATcc < 1:1538185/288‑1 (MQ=255) cgcgACGCAAGATCTCCGACAGAGCCTCATCACTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGaa < 2:1221544/246‑1 (MQ=255) gcgACGCAAGATCTCCGACAGAGCCTCATCACTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCGCTATATGTTCCCCGGCGTTTACCTGAAGAGAAATCCCTTTa < 1:1174520/289‑1 (MQ=255) cGCAAGATCTCCGACAGAGCCTCATCACTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAACATCTCGCCCTGTTGCTGGTCCCCTGCGCGGGTCAGCTGTTGTACCAGTGTTGATTTGCCGCCTCCGGTTCGCCCGAGCATCGCTATATTTTCCCCGGCTTTTACCTGAACAGAATTCCCtttcata > 1:725889/1‑284 (MQ=255) tctccgacAGAGCCTCATCACTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCGCTATATGTTCCCCGGCGTTTACCTGAAGAGAAATCCCTTTAAGTGCCTGt < 2:464960/280‑1 (MQ=255) 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atcaCTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCGCTATATGTTCCCCGGCGTTTACCTGAAGAGAAATCCCTTTAAGTGCCTGTTGAGATTGCTCCGGATaa < 2:1978500/289‑1 (MQ=255) ctactGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCGCTATATGTTCCCCGGCGTTTACCTGAAGAGAAATCCCTTTAAGTGCCTGTTGAGATTGCTCCGGATAAGtga < 1:2246971/289‑1 (MQ=255) ccaggcgaggCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCGCTATATGTTCCCCGGCGTTTACCTGAAGAGAAATCCCTTTAAGTGCCTGTTGAGATTGCTCCGGATAAGtgaactga > 2:1312902/9‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |